考勤卡上的时间仅作为出入甲方时间的记录，而不作为加班时间的认定，这种做法是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或公司规章制度中有明确约定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者在劳动合同中可以约定工作时间、加班等事项。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了考勤卡上的时间仅作为出入记录，加班时间需通过其他方式（如加班申请单、工作记录等）进行认定，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。
   • 关键点：劳动合同或规章制度中的约定需明确、合法，且劳动者在签订劳动合同时已知悉并同意。

2. 若劳动合同或公司规章制度中无明确约定，或约定不明确：

   • 在这种情况下，考勤卡上的时间记录往往被视为劳动者实际工作时间的直接证据。如果用人单位仅将考勤卡作为出入记录，而拒绝承认其上的时间为工作时间或加班时间，这可能构成对劳动者权益的侵害。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关司法解释，劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。考勤卡作为用人单位掌握的证据之一，其上的时间记录在无相反证据的情况下，应被视为劳动者的工作时间。
   • 实践建议：劳动者在遇到此类情况时，应保留好考勤卡等证据，以便在发生争议时维护自己的合法权益。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 如果用人单位能够证明考勤卡上的时间记录与实际工作时间不符（如因设备故障、人为篡改等原因），那么用人单位有权根据实际情况进行调整。但这种情况下，用人单位需承担举证责任，证明考勤卡上的时间记录确实存在错误。
   • 关键点：用人单位的举证需充分、确凿，能够形成完整的证据链，以证明考勤卡上的时间记录与实际工作时间不符。

总结与建议：

• 用人单位在制定劳动合同和规章制度时，应明确考勤卡的作用和加班时间的认定方式，以避免不必要的争议。
• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款和规章制度，了解自己的权益和义务。
• 在发生争议时，双方应积极沟通、协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，必要时也可以向人民法院提起诉讼。

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