行政处罚超过追溯期不予立案是有明确的法律依据的，具体分析如下：

1. 法律依据明确：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。这一条款明确规定了行政处罚的追究时效，即违法行为在一定期限内未被发现，将不再受到行政处罚。
   • 此外，其他相关法律法规，如《中华人民共和国税收征收管理法》第八十六条、《中华人民共和国反不正当竞争法》第二十五条等，也针对特定领域的违法行为规定了相应的追究时效。

2. 追溯期的计算方式：

   • 追溯期一般从违法行为发生之日起计算。如果违法行为有连续或者继续状态的，那么追溯期从行为终了之日起计算。这意味着，如果违法行为持续了一段时间，那么追溯期将从该行为结束之日起开始计算。

3. 不予立案的合理性：

   • 行政处罚的目的是纠正违法行为、维护社会秩序和公共利益。如果违法行为已经超过了追究时效，那么再对其进行行政处罚可能已经失去了实际意义，因为违法行为可能已经停止，且对社会秩序和公共利益的影响也已经减弱或消除。
   • 同时，不予立案也体现了法律的公正性和合理性。对于已经超过追究时效的违法行为，如果仍然对其进行行政处罚，可能会对当事人造成不公平的待遇，也不符合法律的精神和原则。

4. 实际应用中的注意事项：

   • 在实际应用中，行政机关在决定是否立案时，需要仔细审查违法行为的发现时间、追究时效以及相关法律法规的规定。如果确认违法行为已经超过了追究时效，那么行政机关应当依法不予立案。
   • 同时，当事人也有权对行政机关的决定提出异议或申诉。如果当事人认为行政机关的决定不正确或存在违法行为，可以通过法律途径维护自己的合法权益。

举例说明： 假设某企业在五年前实施了一项违法行为，但直到最近才被发现。根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，如果该违法行为不涉及公民生命健康安全、金融安全且没有危害后果，那么由于已经超过了二年的追究时效，行政机关将不再给予行政处罚，并依法不予立案。

总结与建议： 行政处罚超过追溯期不予立案是有法律依据的，这体现了法律的公正性和合理性。在实际应用中，行政机关需要仔细审查违法行为的发现时间、追究时效以及相关法律法规的规定，以作出正确的决定。如果您在行政处罚方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。