超过行政处罚追诉时效的，行政机关不应再对该行为进行立案和处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、行政处罚时效的法律规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》（2021年修订）第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年，法律另有规定的除外。这一规定明确了行政处罚的时效限制，旨在保护当事人的合法权益，避免行政机关对过时的违法行为进行处罚。
二、超过时效案件的处理原则
不再给予行政处罚：一旦违法行为超过了法定的追诉时效，行政机关就不得再对该行为实施行政处罚。这是法律对时效制度的明确规定，也是保障当事人权益的重要体现。
不予立案：对于超过行政处罚时效的案件，行政机关在审查后应作出不予立案的决定。立案是启动行政处罚程序的前提，而超过时效的案件已不符合立案条件。
三、不予立案的理由与依据
法律依据充分：《中华人民共和国行政处罚法》关于时效的规定，为不予立案提供了明确的法律依据。
维护法律秩序的稳定性：时效制度有助于维护法律秩序的稳定性，防止行政机关对过时行为进行追溯，从而保障社会关系的相对稳定。
保障当事人权益：时效制度限制了行政机关的权力行使范围，避免了因时间过长而导致证据灭失或难以查证的情况，从而保护了当事人的合法权益。
四、特殊情况考量
尽管一般情况下超过行政处罚时效的案件不应立案，但也需考虑一些特殊情况：
时效计算起点：对于连续或继续状态的违法行为，如持续违法排放污染物，时效从行为终了之日起计算。这意味着，只要违法行为未停止，时效就未开始起算。
法律另有规定：若其他法律对行政处罚时效有特别规定，如某些特定领域的法律可能规定了更长的追诉时效，则应适用该特别规定。
恶意逃避与隐瞒：在追诉时效期间内，如果行为人再次实施同样违法行为或有充分证据证明其存在逃避、隐瞒等恶意行为，这些情况可能会影响追诉时效的计算和应用，但具体需根据法律规定和案件事实判断。不过，在大多数情况下，即使存在恶意逃避或隐瞒行为，一旦超过法定追诉时效，行政机关仍不得立案处罚。
五、实际案例与操作建议
在实际操作中，行政机关在接到举报或发现违法行为后，会首先审查该行为是否已超过法定追诉时效。如果已超过时效，行政机关将依法作出不予立案的决定，并告知举报人或当事人相关理由。对于当事人而言，如果认为自己的行为已被超过追诉时效而行政机关仍欲立案处罚，可以依法提出异议并寻求法律救济。
总结来说，超过行政处罚追诉时效的案件，行政机关不应再立案和处罚。这是法律对时效制度的明确规定，旨在保护当事人的合法权益和维护法律秩序的稳定性。当然，在处理具体案件时，也需考虑特殊情况对时效计算的影响，并根据法律规定和案件事实做出合理判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。