结论前置：一般情况下，超过行政处罚时效的案件，行政机关应不予立案。

一、法律依据与制度目的

根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年，法律另有规定的除外。这一规定明确了行政处罚的时效限制，其制度目的在于促使行政机关及时行使职权，稳定社会秩序，并平衡个人权益与社会公共利益之间的关系。

二、超过时效案件的处理原则

1. 不再给予行政处罚：

   • 一旦违法行为超过了法定的追诉时效，行政机关就不得再对该行为实施行政处罚。这是法律对时效制度的明确规定，也是保障当事人权益的重要体现。

2. 不予立案：

   • 对于超过行政处罚时效的案件，行政机关在审查后应作出不予立案的决定。立案是启动行政处罚程序的前提，而超过时效的案件已不符合立案条件。

三、不予立案的理由与依据

1. 法律依据充分：

   • 《中华人民共和国行政处罚法》关于时效的规定，为不予立案提供了明确的法律依据。

2. 维护法律秩序的稳定性：

   • 时效制度有助于维护法律秩序的稳定性，防止行政机关对过时行为进行追溯，从而保障社会关系的相对稳定。

3. 保障当事人权益：

   • 时效制度限制了行政机关的权力行使范围，避免了因时间过长而导致证据灭失或难以查证的情况，从而保护了当事人的合法权益。

四、特殊情况的考量

尽管一般情况下超过行政处罚时效的案件应不予立案，但也存在一些特殊情况可能影响时效的计算和应用：

1. 时效计算起点：

   • 对于连续或继续状态的违法行为，如持续违法排放污染物，时效从行为终了之日起计算。这意味着，只要违法行为未停止，时效就未开始起算。

2. 法律另有规定：

   • 若其他法律对行政处罚时效有特别规定，如《治安管理处罚法》中的六个月追诉期，则应适用该特别规定。

3. 恶意逃避与隐瞒：

   • 在追诉时效期间内，如果行为人再次实施同样违法行为或有充分证据证明其存在逃避、隐瞒等恶意行为，这些情况可能会影响追诉时效的计算和应用，具体需根据法律规定和案件事实判断。

五、实际案例说明

假设某企业因违法排放污染物被环保部门查处，但该违法行为已持续多年，且环保部门在违法行为终了之日起二年内未发现。在此情况下，根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，环保部门应不予立案，因为该违法行为已超过行政处罚的时效。

总结：超过行政处罚时效的案件，行政机关应不予立案。这是法律对时效制度的明确规定，旨在保护当事人的合法权益，维护法律秩序的稳定性。然而，在处理具体案件时，也需考虑特殊情况对时效计算的影响，并根据法律规定和案件事实做出合理判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。