在案件办理期间，确实可能存在不能申请食品生产许可的情形，但具体是否受影响需结合案件性质、法律规定及行政机关的具体要求来判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、案件性质对申请食品生产许可的影响
涉及食品安全犯罪的案件：
- 若案件涉及食品安全犯罪，如生产、销售不符合安全标准的食品罪，生产、销售有毒、有害食品罪等，根据《中华人民共和国食品安全法》第一百三十五条：“因食品安全犯罪被判处有期徒刑以上刑罚的，终身不得从事食品生产经营管理工作，也不得担任食品生产经营企业食品安全管理人员。同时，在刑罚执行完毕前，相关人员也不得申请食品生产许可”。
- 若案件虽未构成犯罪，但涉及严重的食品安全违法行为，如被吊销食品生产、经营许可证的，根据同一法条，相关责任人员自处罚决定作出之日起五年内不得申请食品生产经营许可，或者从事食品生产经营管理工作、担任食品生产经营企业食品安全管理人员。
不涉及食品安全的案件：
- 若案件与食品安全无关，如一般的经济纠纷、合同纠纷等，通常不会直接影响食品生产许可的申请。但需注意，若案件导致申请人被列入失信被执行人名单或存在其他严重失信行为，可能根据相关规定受到限制。
二、法律规定对申请食品生产许可的普遍要求
- 申请食品生产许可，应当符合《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例规定的条件，包括具有与生产的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；具有与生产的食品品种、数量相适应的生产设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；有专职或者兼职的食品安全专业技术人员、食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度等。
- 若申请人正在办理的案件导致其无法满足上述条件，如因案件导致场所被查封、设备被扣押等，则无法申请食品生产许可。
三、行政机关的具体要求
- 行政机关在受理食品生产许可申请时，会进行形式审查和实质审查。形式审查主要检查申请材料是否齐全、符合法定形式；实质审查则可能包括现场核查等，以确认申请人是否具备生产合格食品的能力和条件。
- 若申请人正在办理的案件被行政机关认为可能影响其申请食品生产许可的合法性或可行性，行政机关有权要求申请人提供相关证明材料或进行说明，甚至可能拒绝受理申请。
法律建议
- 若你正在办理的案件与食品安全相关，且可能影响食品生产许可的申请，建议先咨询专业律师，了解案件对申请的具体影响及可能的法律后果。
- 在申请食品生产许可前，确保已满足所有法定条件，包括场所、设备、人员、规章制度等方面的要求。
- 若因案件导致无法满足申请条件或受到行政机关的限制，可考虑在案件解决后再行申请，或寻求其他合法的生产经营方式。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。