结论：涉嫌违法建筑正在立案调查的，一般不能办理食品经营许可证。以下从不同角度为你详细分析：

从食品经营许可证的办理条件角度

根据相关法律法规，办理食品经营许可证需要满足一系列条件，其中场所要求是重要的一项。食品经营场所应当具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、销售、贮存等场所，且该场所应当符合食品安全标准等相关要求。而涉嫌违法建筑，其本身的存在就可能不符合规划、建设等相关法律法规的规定，无法满足食品经营场所合法、安全、卫生等基本要求。例如，违法建筑可能在建筑结构、消防设施、通风采光等方面存在隐患，这些都不利于食品安全保障，所以从办理条件上来说，通常不能办理食品经营许可证。

从行政审批的审慎原则角度

行政机关在审批食品经营许可证时，会遵循审慎原则，以确保食品安全和公共利益。对于正在立案调查的涉嫌违法建筑，其最终是否被认定为违法建筑以及后续的处理结果都存在不确定性。如果在此情况下批准办理食品经营许可证，一旦该建筑被确认为违法建筑并面临拆除等处理，将会给食品经营者带来巨大的损失，同时也可能影响食品安全监管的有效性和公共利益。因此，行政机关一般会等待立案调查结果明确后，再根据具体情况决定是否办理食品经营许可证。

特殊情况说明

虽然一般情况下涉嫌违法建筑正在立案调查的不能办理食品经营许可证，但也存在一些特殊情况。比如，如果经营者能够证明该建筑虽然涉嫌违法，但并不影响食品经营活动的安全性和合法性，且能够提供相关的担保或承诺，在行政机关认为风险可控的情况下，可能会酌情考虑办理。不过，这种情况非常少见，且需要经营者提供充分的证据和合理的理由。

建议：如果你正在面临这种情况，建议你先积极配合相关部门对违法建筑的立案调查，尽快明确建筑的合法性。如果建筑最终被认定为合法，那么你可以按照正常流程申请办理食品经营许可证；如果被认定为违法建筑，你需要及时调整经营场所，选择符合要求的合法场所进行食品经营活动，以免因场所问题影响食品经营许可证的办理和正常的经营活动。如果你在处理过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。