分公司给总公司打借条这一行为本身并不违法，但具体是否合规及有效，需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律主体资格角度

分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但在总公司授权范围内，可以以自己的名义从事民事活动，包括签订合同、借款等。因此，分公司有权在总公司授权下，以自己的名义向总公司出具借条，这一行为在法律主体资格上是可行的。

二、内部财务关系角度

分公司与总公司之间的借款行为，本质上属于企业内部资金调配的一种方式。从内部财务管理的角度来看，这种借款行为并不违反法律法规，但需要确保借款行为符合总公司的财务管理制度和内部审批流程。如果借款行为未经总公司授权或违反了内部财务管理规定，可能会引发内部管理纠纷。

三、外部法律关系角度

1. 对外部债权人影响：如果分公司与总公司之间的借款行为涉及外部债权人的利益，例如分公司以自身财产为借款提供担保，或者借款行为影响了分公司的偿债能力，那么这一行为可能会对外部债权人的权益产生影响。在这种情况下，需要确保借款行为不会损害外部债权人的合法权益，否则可能会引发法律纠纷。
2. 税务合规性：分公司与总公司之间的借款行为还需要考虑税务合规性问题。根据税法规定，企业之间的借款利息收入需要缴纳增值税和企业所得税。因此，在借款过程中，需要确保利息的支付和收取符合税法规定，避免产生税务风险。

四、实际操作建议

1. 明确授权：确保分公司向总公司出具借条的行为已经得到总公司的明确授权，避免未经授权的借款行为引发法律纠纷。
2. 完善手续：借款行为应签订书面借条，并明确借款金额、期限、利率等关键条款，以确保借款行为的合法性和有效性。
3. 遵守内部规定：借款行为应遵守总公司的财务管理制度和内部审批流程，确保借款行为的合规性。
4. 考虑税务影响：在借款过程中，应充分考虑税务合规性问题，确保利息的支付和收取符合税法规定。

总结来说，分公司给总公司打借条这一行为本身并不违法，但需要确保借款行为符合总公司的授权、内部财务管理规定以及税法规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律指导。