分公司不配合总公司查账，这一行为是否违法，需根据具体情况和法律规定进行综合分析。以下是从不同角度对此问题的详细解答：

1. 分公司与总公司的法律关系：

   • 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着分公司在经营活动中应遵循总公司的指示和规定，包括财务管理和账目审计等方面。

2. 分公司不配合查账的可能性质：

   • 内部管理问题：如果分公司不配合总公司查账是由于内部管理混乱、沟通不畅或人员素质问题导致的，这更多属于公司内部管理范畴，虽然可能违反公司内部规章制度，但不一定直接构成违法。
   • 故意隐瞒或违规操作：如果分公司故意隐瞒账目、拒绝提供必要资料或存在其他违规操作，以阻碍总公司查账，这一行为可能涉及违法。特别是当这种行为导致总公司无法准确了解分公司财务状况，进而损害总公司利益时，可能构成对公司财产权的侵犯或违反相关财务管理规定。

3. 相关法律规定：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司应当建立健全内部财务管理制度，确保财务资料的真实、完整。分公司作为总公司的一部分，应遵守这一规定。如果分公司违反规定，拒绝提供财务资料或故意隐瞒账目，总公司有权依据公司法及相关内部规章制度采取相应措施，包括但不限于要求分公司改正、对相关责任人进行处罚等。
   • 此外，如果分公司的不配合行为导致总公司遭受经济损失，总公司还可以依法追究分公司的民事责任，要求赔偿损失。

4. 法律建议：

   • 加强内部沟通：总公司应首先尝试与分公司进行沟通，了解不配合查账的具体原因，并寻求解决方案。
   • 完善内部制度：总公司应建立健全内部财务管理和审计制度，明确分公司的财务报告和审计义务，确保分公司能够按照规定提供必要资料。
   • 依法维权：如果分公司拒绝配合且无正当理由，总公司可以依据公司法及相关内部规章制度采取相应措施，包括但不限于要求分公司改正、对相关责任人进行处罚、寻求法律救济等。

综上所述，分公司不配合总公司查账是否违法取决于具体情况。如果这一行为是由于内部管理问题导致的，可能更多属于公司内部管理范畴；但如果涉及故意隐瞒或违规操作，则可能构成违法。总公司应根据具体情况采取相应措施，依法维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。