关于总公司查分公司发票明细是否合法的问题，这主要涉及到公司内部的管理权限以及相关的法律法规。以下是对此问题的详细解答：

一、公司内部管理权限

1. 总公司与分公司的关系：

   • 总公司设立分公司，分公司作为总公司的附属机构，在业务、资金、人事等方面受总公司管辖。
   • 分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。

2. 内部管理权限的划分：

   • 总公司通常对分公司拥有全面的管理权限，包括但不限于财务、业务、人事等方面的监督和管理。
   • 在这种管理框架下，总公司有权查看和分公司的财务记录，包括发票明细，以确保分公司的业务活动和财务状况符合总公司的要求和法律法规。

二、法律法规的支持

1. 公司法规定：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，总公司作为分公司的设立者和管理者，有权对分公司的经营活动进行监督和检查。
   • 这包括查看分公司的财务记录、发票明细等，以确保分公司的合规运营。

2. 税法规定：

   • 税法并未明确禁止总公司查看分公司的发票明细。相反，为了确保税收的合规性和准确性，税法鼓励企业建立健全的财务管理制度，包括发票的管理和记录。
   • 总公司查看分公司的发票明细，有助于确保分公司的税务处理符合税法规定，避免税务风险。

三、实际操作中的注意事项

1. 尊重分公司的经营自主权：

   • 虽然总公司有权查看分公司的发票明细，但在实际操作中应尊重分公司的经营自主权，避免过度干预分公司的正常运营。

2. 确保查看目的的合法性：

   • 总公司查看分公司的发票明细应出于合法的目的，如确保财务合规、税务合规等，而不得用于非法目的。

3. 保护商业秘密和隐私：

   • 在查看分公司的发票明细时，总公司应注意保护商业秘密和隐私，避免泄露敏感信息给第三方。

综上所述，总公司查分公司发票明细在合法的管理权限和法律法规支持下是合法的。但在实际操作中，应尊重分公司的经营自主权，确保查看目的的合法性，并保护商业秘密和隐私。