结论：母亲将父亲留下的遗产用于办理后事，并在之后将剩余的钱给儿子而未给女儿，这一行为是否合理，需根据具体情况来判断，包括遗产的分配意愿、家庭成员间的协商情况以及是否遵循了法定继承原则等。以下从几个角度进行详细分析：

1. 法定继承原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于继承的规定，遗产首先应当按照法定继承办理，即在没有遗嘱或遗赠扶养协议的情况下，遗产由第一顺序继承人（配偶、子女、父母）平均分配。
   • 若父亲未留下遗嘱，且母亲、儿子、女儿均为第一顺序继承人，则原则上遗产应由三人平均分配。母亲将全部或大部分遗产给儿子而未给女儿，可能违反了法定继承的平等原则。

2. 遗嘱继承与遗赠扶养协议：

   • 如果父亲留下了遗嘱，明确指定了遗产的分配方式，那么应按照遗嘱执行。若遗嘱中指定母亲为遗产管理人，并授权其处理后事及分配剩余遗产，且遗嘱内容合法有效，则母亲的行为可能符合遗嘱的意愿。
   • 遗赠扶养协议是另一种遗产分配方式，但通常涉及非法定继承人的扶养义务与遗产赠与的约定，与本题情况不符，故不详细展开。

3. 家庭协商与自愿原则：

   • 家庭成员之间可以通过协商，就遗产的分配达成一致意见。如果母亲、儿子、女儿在父亲去世后，就遗产的分配进行了协商，并达成了母亲将剩余遗产给儿子的协议，且该协议是各方真实意思的表示，那么这一行为是合法的。
   • 但需要注意的是，协商过程应确保所有相关方的知情权和参与权，避免存在欺诈、胁迫等情形。

4. 母亲作为遗产管理人的职责：

   • 如果母亲被指定为遗产管理人，她有责任妥善管理遗产，包括用于办理父亲的后事。在办理完后事后，剩余遗产应按照法定继承或遗嘱继承的原则进行分配。
   • 母亲不得擅自将遗产赠与某一子女而损害其他子女的合法权益，除非有合法的理由或协议支持。

建议：

• 如果女儿认为母亲的行为不合理，侵犯了其继承权，可以先与母亲和儿子进行协商，寻求和解。
• 若协商无果，女儿可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径，如提起继承权纠纷诉讼等。
• 在处理此类家庭财产纠纷时，建议保持冷静和理性，尊重法律和家庭成员的权益，寻求合法合理的解决方案。

可能后果：

• 如果女儿提起诉讼并胜诉，法院可能会判决母亲重新分配遗产，确保女儿的继承权得到保障。
• 如果母亲的行为被认定为违法或不当，她可能需要承担相应的法律责任，如返还不当得利等。