针对您提出的“双方协议离婚房子归女方但是不动产不认，要怎么法院起诉”的问题，以下是我的详细解答：

1. 明确起诉的前提与条件

首先，您需要确认的是，双方已经通过协议离婚，并且离婚协议中明确约定了房产归女方所有。这是起诉的基础和前提。如果离婚协议中并未明确约定房产归属，或者约定不明确，那么起诉的难度和复杂性将会增加。

2. 准备起诉材料

在确认离婚协议内容无误后，您需要准备以下起诉材料：

• 起诉状：详细阐述您的诉讼请求（即要求确认房产归您所有）、事实与理由（即双方离婚协议中的相关约定以及不动产登记部门不予认可的情况）。
• 证据材料：包括离婚协议原件、房产证（如有）、不动产登记部门不予认可的书面回复（如有）等，以证明您的主张。
• 身份证明：您的身份证原件及复印件，以证明您的身份。

3. 确定管辖法院

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。因此，您需要向房产所在地的人民法院提起诉讼。

4. 起诉流程

• 提交起诉状和证据：将准备好的起诉状和证据材料提交给法院，并缴纳诉讼费。
• 法院审查：法院在收到起诉书后，会在七日内决定是否立案。如果立案，法院会发出《案件受理通知书》和《举证通知书》，并通知您交费。
• 举证期限：立案后，法院可能会指定举证期限，要求您在期限内提交全部证据材料。逾期提交的证据，法院可能不予质证。
• 开庭审理：法院会安排开庭日期，并提前通知您。开庭时，您需要准时到庭，并依次经过核实双方当事人身份、告知诉讼权利及义务、询问是否申请回避、法庭调查、举证质证、法官询问、法庭辩论、陈述最后意见、法庭调解和宣判等程序。

5. 可能的法律后果与建议

• 如果法院支持您的诉讼请求：法院将判决确认房产归您所有，您可以凭此判决书到不动产登记部门办理房产过户手续。
• 如果法院不支持您的诉讼请求：您可能需要考虑其他途径解决纠纷，如与对方协商重新达成协议、通过仲裁等方式解决。但在此之前，我建议您先仔细分析法院判决的理由，看是否有上诉或申请再审的可能。

6. 额外建议

• 在起诉前，尽量与对方协商：虽然您已经决定通过法律途径解决纠纷，但在起诉前，如果能够与对方协商达成一致，将可以节省大量的时间和精力。
• 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在起诉前，我建议您咨询一位专业律师，以便更全面地了解您的权利和义务，以及可能面临的法律风险。不过，既然您已经向我咨询了，我会尽我所能为您提供帮助。

最后，我希望您能够顺利解决这个纠纷，维护自己的合法权益。如果您在起诉过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。