结论前置：员工申请劳动仲裁期间，您作为用人单位注销营业执照并不能直接规避仲裁责任或使仲裁程序终止，反而可能引发更复杂的法律后果。以下从不同角度为您详细分析：

一、注销营业执照对仲裁程序的影响

1. 仲裁程序继续
   根据《劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动仲裁的受理和审理以“劳动关系存在争议”为核心，而非用人单位的存续状态。即使您注销营业执照，只要员工能证明劳动关系存在（如劳动合同、工资记录、工作证等），仲裁委仍会继续审理案件，并可能将您列为“清算义务人”或“出资人”承担责任。

2. 责任主体转移
   若公司已注销，仲裁委可能将案件当事人变更为公司股东、清算组或实际控制人。根据《公司法》第183条，公司清算期间，清算组需代表公司参与诉讼或仲裁。若清算组未履行义务，股东可能需承担连带责任。

二、注销营业执照的法律风险

1. 恶意注销的后果
   若您在明知存在劳动争议的情况下注销营业执照，可能被认定为“恶意逃避债务”。根据《公司法》第204条，清算组未依法履行通知和公告义务，导致债权人未及时申报债权而未获清偿的，清算组成员需对损失承担赔偿责任。此外，员工可依据《劳动合同法》第93条，要求出资人（股东）承担赔偿责任。

2. 行政处罚风险
   若注销过程中存在隐瞒债务、虚假清算等行为，市场监管部门可能撤销注销登记，并对公司及直接责任人处以罚款（如《公司登记管理条例》第64条）。

三、合法应对仲裁的建议

1. 积极应诉，而非逃避
   注销营业执照无法解决争议，反而可能扩大损失。建议您：

   • 收集证据（如考勤记录、工资发放凭证、规章制度等），证明公司已足额支付劳动报酬或员工存在过错；
     
   • 参与仲裁调解，争取协商解决；
     
   • 若对仲裁结果不服，可在收到裁决书后15日内向法院起诉。

2. 合规注销的流程
   若公司确需注销，应依法完成清算程序：

   • 成立清算组，通知债权人并公告；
     
   • 清理公司财产，编制资产负债表和财产清单；
     
   • 优先清偿员工工资、社保、经济补偿等债务；
     
   • 剩余财产按股东出资比例分配；
     
   • 办理注销登记。

四、特殊情形：公司已注销后的救济途径

若公司已注销且您被列为责任主体，员工可通过以下方式维权：

1. 申请强制执行：若仲裁裁决已生效，员工可向法院申请强制执行您的个人财产；
   
2. 起诉股东：若清算组未履行通知义务，员工可起诉股东要求赔偿；
   
3. 举报违法行为：向市场监管部门举报公司恶意注销，要求撤销注销登记。

总结：注销营业执照不是解决劳动争议的合法途径，反而可能引发更严重的法律后果。建议您积极应对仲裁，或通过合法清算程序终止公司。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细方案。