报关员在不知情的情况下，若工厂存在骗税行为且金额巨大，报关员一般不构成骗取出口退税罪的共犯，但需根据具体证据和情节判断是否承担其他法律责任。以下分情况详细说明：
一、报关员不构成骗取出口退税罪共犯的情形
主观不知情：
- 若报关员在办理报关手续时，对工厂的骗税行为完全不知情，且没有证据证明其应当知情或存在疏忽大意等过失，那么报关员不构成骗取出口退税罪的共犯。
- 骗取出口退税罪要求行为人主观上具有故意，即明知自己的行为会发生骗取国家出口退税款的结果，并且希望或者放任这种结果发生。若报关员主观上没有这种故意，则不构成该罪。
客观行为无关联：
- 若报关员在办理报关手续时，严格按照海关规定和程序操作，没有参与工厂的骗税行为，如伪造、变造报关单证、提供虚假证明文件等，那么其客观行为与工厂的骗税行为无关联，不构成共犯。
二、报关员可能承担其他法律责任的情形
过失责任：
- 若报关员在办理报关手续时，存在疏忽大意或过于自信的过失，如未对工厂提供的报关资料进行认真审核，导致骗税行为得以实施，虽然不构成骗取出口退税罪的共犯，但可能因过失行为承担相应的行政责任或民事责任。
- 例如，海关可能根据《中华人民共和国海关法》等相关规定，对报关员进行行政处罚，如罚款、暂停报关资格等。若因报关员的过失行为给国家或他人造成损失的，还可能承担民事赔偿责任。
证据认定问题：
- 在司法实践中，若报关员声称自己不知情，但存在证据表明其应当知情或存在与工厂串通骗税的嫌疑，如报关员与工厂之间存在不正当利益关系、报关员多次为同一工厂办理存在骗税嫌疑的报关手续等，那么报关员可能面临被认定为共犯的风险。
- 此时，司法机关会根据证据情况，综合判断报关员的主观故意和客观行为，以确定其是否构成骗取出口退税罪的共犯。
三、建议与措施
加强证据留存：
- 报关员在办理报关手续时，应妥善留存相关证据，如报关单、合同、发票、装箱单等，以证明自己按照海关规定和程序操作，对工厂的骗税行为不知情。
提高风险意识：
- 报关员应提高风险意识，对工厂提供的报关资料进行认真审核，发现异常情况及时向海关报告，避免因疏忽大意或过于自信而承担不必要的法律责任。
寻求法律帮助：
- 若报关员面临被指控为骗取出口退税罪共犯的风险，应及时寻求法律帮助，委托专业律师进行辩护，以维护自己的合法权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。