结论前置：员工不配合办理离职，公司一般不能直接申请劳动仲裁要求员工配合，但可以依据具体情况采取相应措施。以下从不同角度进行分析：
一、劳动仲裁的适用范围
劳动仲裁主要解决的是因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，以及因确认劳动关系发生的争议等。员工不配合办理离职，并不直接属于劳动仲裁的受理范围，因为这更多涉及到的是员工对公司离职流程的遵守问题，而非直接的劳动权益争议。
二、公司可采取的措施
协商沟通：
- 公司首先应尝试与员工进行友好协商，了解员工不配合的具体原因，并寻求解决方案。这有助于维护良好的劳动关系，避免不必要的法律纠纷。
依据规章制度处理：
- 如果公司有明确的离职流程和规章制度，且员工违反了这些规定，公司可以依据规章制度对员工进行相应的处理，如警告、罚款（需符合法律法规规定）、解除劳动合同等。但需注意，公司在制定和执行规章制度时，必须确保规章制度的合法性和合理性，且已向员工公示或告知。
解除劳动合同：
- 如果员工的不配合行为严重违反了公司的规章制度或劳动合同约定，且达到了解除劳动合同的条件，公司可以依法解除与员工的劳动合同。在解除劳动合同时，公司应确保解除程序的合法性和合规性，如提前通知员工、支付经济补偿等（如适用）。
寻求法律途径（非直接仲裁员工配合）：
- 如果员工的不配合行为给公司造成了实际损失，公司可以考虑通过法律途径追究员工的赔偿责任。但这通常需要通过诉讼等法律程序进行，而非直接申请劳动仲裁要求员工配合办理离职。不过，在某些特定情况下，如员工拒不交接工作导致公司损失，公司可能可以在仲裁或诉讼中主张相关损失赔偿。
三、特殊情况下的处理
- 员工恶意离职：如果员工恶意离职，如未提前通知公司、未办理离职手续即擅自离职等，公司可以依据劳动合同和规章制度进行处理，并可能要求员工承担因此造成的损失。但这同样不直接属于劳动仲裁的受理范围，而是需要通过其他法律途径解决。
四、建议
- 完善离职流程：公司应制定完善的离职流程，明确员工在离职时应履行的义务和责任，以及公司应提供的支持和协助。这有助于减少因离职而产生的纠纷和矛盾。
- 加强沟通：在员工离职过程中，公司应加强与员工的沟通，及时了解员工的想法和需求，并尽力满足员工的合理要求。这有助于维护良好的劳动关系，促进员工的顺利离职。
- 依法处理：在处理员工不配合办理离职的问题时，公司应依法行事，确保处理程序的合法性和合规性。避免因处理不当而引发法律纠纷和损失。
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