双休日按实际出勤天数计算工资是否合法，需分情况讨论：
标准工时制下的双休日
- 合法情形：在标准工时制（每日8小时，每周40小时）下，双休日是员工的法定休息日，通常不计入出勤天数，也不应因此扣减工资。若员工在双休日加班，用人单位应按照《劳动法》第四十四条的规定支付不低于工资200%的工资报酬。若用人单位将双休日计入实际出勤天数，并据此计算工资，且未额外支付加班费，则可能构成违法，因为这实际上是在变相降低员工的工资水平。
- 违法后果：员工有权要求用人单位补发工资差额，并可能依据《劳动合同法》的相关规定，要求用人单位支付经济补偿金或提起劳动仲裁。
综合计算工时制或不定时工时制下的双休日
- 合法情形：在综合计算工时制或不定时工时制下，员工的工时计算方式较为灵活，双休日可能并不作为固定的休息日。若用人单位与员工在劳动合同中明确约定了此种工时制度，并按照相关规定报经劳动行政部门批准，那么双休日按实际出勤天数计算工资可能是合法的。但即便如此，若员工在双休日工作，且该工作时长超出了综合计算周期内的平均工时，用人单位仍需支付加班费。
- 注意事项：用人单位应确保与员工签订的劳动合同中明确约定了工时制度，并按照规定报经批准。同时，应准确记录员工的出勤情况，确保工资计算的准确性和合法性。
特殊情况下的双休日工资计算
- 调休情形：若用人单位因工作需要安排员工在双休日工作，并随后安排调休，那么双休日的工作时间可以不计入出勤天数（在调休的情况下），但用人单位应确保调休的合理性和及时性。若未安排调休，则应支付加班费。
- 员工自愿加班：若员工自愿在双休日加班，且用人单位未强制或诱导，那么双方可以协商工资支付方式。但即便如此，用人单位也应确保工资支付不低于法定标准，并尊重员工的休息权。
建议与总结：
- 对于员工：应仔细阅读劳动合同，了解自己的工时制度和工资计算方式。若发现用人单位在双休日工资计算上存在违法行为，应及时与用人单位沟通或向劳动监察部门投诉。
- 对于用人单位：应严格遵守《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，确保工资计算的合法性和准确性。在制定工时制度和工资计算方式时，应充分考虑员工的权益和休息需求。
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