侵害公司权益的纠纷是可以约定仲裁解决的。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。侵害公司权益的纠纷，本质上属于公司与其他主体（如个人、其他公司等）之间的财产权益纠纷，因此，在符合仲裁法规定的前提下，双方是可以约定通过仲裁方式来解决此类纠纷的。

仲裁协议的有效性

要使仲裁成为解决侵害公司权益纠纷的有效方式，双方必须签订有效的仲裁协议。仲裁协议应当具有以下内容：

1. 请求仲裁的意思表示：即双方当事人明确表示愿意将纠纷提交仲裁解决。
2. 仲裁事项：即双方当事人约定提交仲裁的具体纠纷事项，如侵害公司知识产权、商业秘密等。
3. 选定的仲裁委员会：即双方当事人明确约定将纠纷提交哪一个仲裁委员会进行仲裁。

只有同时具备上述三项内容，仲裁协议才有效，仲裁机构才能受理并裁决纠纷。

仲裁的优势

1. 保密性：仲裁过程相对封闭，仲裁结果一般也不公开，这有助于保护公司的商业秘密和声誉。
2. 专业性：仲裁机构通常拥有专业的仲裁员队伍，他们具备丰富的法律知识和实践经验，能够更准确地判断纠纷事实，作出公正的裁决。
3. 效率性：仲裁程序相对灵活，双方当事人可以根据实际情况约定仲裁程序，这有助于缩短纠纷解决的时间，降低解决成本。

注意事项

1. 仲裁协议的签订：在签订仲裁协议时，双方应明确约定仲裁事项、仲裁机构和仲裁规则等，以避免后续产生争议。
2. 仲裁裁决的执行：仲裁裁决作出后，如果一方当事人不履行裁决，另一方当事人可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。因此，在选择仲裁机构时，应考虑其裁决的执行力和公信力。
3. 与诉讼的衔接：虽然仲裁和诉讼是两种独立的纠纷解决方式，但在某些情况下，如仲裁协议无效或仲裁机构不予受理等，当事人仍然可以向人民法院提起诉讼。因此，在约定仲裁时，也应考虑与诉讼的衔接问题。

总结来说，侵害公司权益的纠纷是可以约定仲裁解决的，但双方必须签订有效的仲裁协议，并明确约定仲裁事项、仲裁机构和仲裁规则等。如果你在处理此类纠纷时遇到任何问题，或者需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。