公司扣员工假期是否合法，需根据具体情况综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
合法扣减假期的情况
因生产、工作需要并经员工同意：
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，若因生产、工作需要，公司不安排或少安排员工的年休假，应经员工本人同意，并按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（包含正常工作期间的工资收入）。这种情况下，虽然扣减了年假，但公司已给予相应的经济补偿，因此是合法的。
员工病假累积达到一定期限：
- 根据相关规定，累计工作年限不足10年的员工，病假累积达2个月以上；累计工作年限超过10年但不足20年的员工，病假累积达3个月以上；累计工作年限超过20年的员工，病假累积达4个月以上。在这些情况下，企业可无需安排其年假，因此扣减年假是合法的。
员工请假超出可支配年假范围：
- 如果员工在已休完法定年假后，又申请额外假期并被认定为占用年假额度，且公司有明确的年假管理规定并已向员工公示说明，此时扣除相应年假天数通常是合理的。
公司规章制度或劳动合同中有明确约定：
- 若公司有合法有效且经过民主程序（如职工代表大会讨论）制定的规章制度，明确规定在特定情况下可安排员工休假并扣减假期，且已向员工公示，则该做法合法。同样，如果劳动合同中明确规定了员工休假、年假的使用和扣除方式，且这些约定不违反法律法规，公司也可按约定操作。
违法扣减假期的情况
无正当理由随意扣除：
- 年假是员工依法享有的福利，公司若无合理原因（如员工严重违反规章制度）而随意扣减年假天数，则侵害了员工的合法权益，构成违法。
未按规定安排补休或支付补偿：
- 当员工因工作需要无法在正常年度内休完年假时，公司应要么安排补休，要么按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬。若公司既不安排补休也不支付相应报酬而直接扣减年假，则属于违法行为。
以放假规避法律责任：
- 公司为了逃避支付加班工资、经济补偿等责任，恶意安排员工放假并扣减假期，这种行为是违法的。员工有权要求公司按照法律规定履行义务，支付相应的费用。
长时间放假且不支付工资或生活费：
- 企业给员工放长假本身并不违法，但放假期间需要支付员工相应的工资报酬。具体支付标准依据《工资支付暂行规定》执行。若公司长时间放假且不支付工资或生活费，则构成违法。
员工权益保护建议
- 沟通协商：首先与公司进行沟通，了解扣减假期的具体原因，并要求公司说明依据并纠正错误做法。
- 保存证据：妥善保存相关证据，如公司通知、工作记录、工资单等，以备后续维权使用。
- 投诉或仲裁：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司扣员工假期的合法性需根据具体情况来判断。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律帮助，可以直接向我咨询。