结论：违反公司规章制度被扣假期是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度的合法性、合理性以及扣假期的具体情形等。

分析：

1. 公司规章制度的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 若公司规章制度未经上述法定程序制定，或内容违反法律、行政法规及政策规定，则该规章制度不具有法律效力，公司依据此规章制度扣假期即为不合法。

2. 公司规章制度的合理性：

   • 即便公司规章制度合法，也需考虑其合理性。规章制度应公平、公正，不得过分苛刻或不合理地限制劳动者的权益。
   • 若公司规章制度中关于扣假期的规定过于严苛，如轻微违规即扣大量假期，或扣假期与违规行为不成比例，则可能被视为不合理，从而不合法。

3. 扣假期的具体情形：

   • 扣假期应基于劳动者确实存在违反规章制度的行为，且该行为与扣假期之间存在直接关联。
   • 若公司无法证明劳动者存在违规行为，或扣假期与违规行为无直接联系，则扣假期行为不合法。
   • 此外，扣假期不得违反法律、行政法规关于劳动者休息休假的强制性规定，如不得扣除法定假日、年休假等。

建议：

• 劳动者角度：若认为公司扣假期行为不合法，可首先与公司沟通协商，要求公司说明扣假期的依据和理由。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 公司角度：公司应确保规章制度的合法性和合理性，避免过度苛刻或不合理地限制劳动者权益。在扣假期前，应确保有充分证据证明劳动者存在违规行为，并确保扣假期行为符合法律、行政法规的规定。

可能后果：

• 若公司扣假期行为被认定为不合法，可能面临劳动监察部门的处罚，如责令改正、罚款等。
• 劳动者有权要求公司补发被扣的假期或相应的工资报酬，并可能获得经济补偿或赔偿金。

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