关于农村房基地长期共建合同双方签字是否合法的问题，结论是：合同本身在符合法定条件时是合法的，但具体合法性需结合合同内容、签订程序及双方主体资格等多方面因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 合同主体资格

• 农村宅基地使用权人：根据《土地管理法》及相关规定，农村宅基地使用权人通常为本集体经济组织成员。若共建合同的一方或双方非本集体经济组织成员，可能因主体不适格导致合同无效或部分无效。
• 示例：若城市居民与农村村民签订宅基地共建合同，因城市居民无权取得宅基地使用权，合同可能被认定无效。

2. 合同内容合法性

• 共建性质：若合同约定双方共同出资、共同建设房屋，并明确产权归属（如按份共有或共同共有），且不违反“一户一宅”原则，通常合法。
• 禁止性规定：若合同涉及宅基地买卖、转让给非集体经济组织成员，或违反土地用途管制（如将宅基地用于商业开发），则违法。
• 示例：合同约定“甲方提供宅基地，乙方出资建设，房屋建成后双方各占50%产权”，若符合宅基地使用规定，合法；但若约定“乙方支付费用后永久使用宅基地”，则可能违法。

3. 签订程序合规性

• 集体经济组织同意：根据《民法典》及地方性法规，宅基地使用权转让或共建可能需经集体经济组织同意或备案。若未履行相关程序，合同效力可能受影响。
• 公示公告：部分地区要求宅基地使用权变动需公示，未公示可能影响合同对外效力。

4. 合同形式要求

• 书面形式：根据《民法典》第469条，宅基地共建合同应采用书面形式，口头合同可能因举证困难被认定无效。
• 签字盖章：双方签字是合同成立的要件之一，但仅签字不足以保证合法性，还需结合其他要件综合判断。

5. 法律后果提示

• 合同有效：若合同主体、内容、程序均合法，双方应按合同约定履行义务，违约方需承担违约责任。
• 合同无效或部分无效：若违反法律强制性规定，合同可能被认定无效，双方需返还财产或折价补偿，过错方可能需赔偿损失。
• 行政处罚风险：若共建行为违反土地管理法规（如未经批准占用土地），可能面临行政处罚（如罚款、限期拆除）。

建议

1. 审查合同条款：确保合同明确约定共建方式、产权归属、费用分担、违约责任等，避免模糊表述。
2. 履行法定程序：签订前咨询当地自然资源部门或集体经济组织，确认是否需审批或备案。
3. 保留证据：保存合同原件、付款凭证、集体经济组织同意文件等，以备纠纷时举证。

若您有具体合同文本或纠纷情况，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。