结论：法官不支持原告对同一文件中不认可的印章进行鉴定，这一做法是否合理，需结合具体情况判断，但通常来说，若法官认为鉴定申请不符合法定条件或缺乏必要性，其决定可能是合理的。以下从多个角度进行分析：
一、法官不支持鉴定的可能理由
鉴定申请不符合法定条件：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人申请鉴定应当符合一定条件，如鉴定事项与待证事实有关联、鉴定材料真实且来源合法等。若原告提出的鉴定申请不符合这些条件，法官有权不予支持。
- 例如，若原告仅凭主观怀疑而未提供初步证据证明印章可能存在问题，法官可能认为鉴定申请缺乏必要性。
鉴定事项已无争议或已通过其他方式证明：
- 若在诉讼过程中，双方已就印章的真实性达成一致，或原告已通过其他证据（如证人证言、书面合同等）证明了其主张，法官可能认为无需再进行鉴定。
- 此外，若被告已提供了充分证据证明印章的真实性，且原告未能提供反驳证据，法官也可能不支持原告的鉴定申请。
鉴定成本过高或鉴定结果对案件结果无实质性影响：
- 在某些情况下，鉴定成本可能过高，如涉及复杂的技术鉴定或需要跨国取证等。若法官认为鉴定成本远超过案件可能涉及的利益，可能不支持鉴定申请。
- 同时，若法官认为即使进行鉴定，其结果也不会对案件的最终判决产生实质性影响，也可能拒绝支持鉴定申请。
二、原告应对策略
提供充分证据支持鉴定申请：
- 原告应尽可能收集与印章真实性相关的初步证据，如印章使用记录、合同文本、证人证言等，以证明其鉴定申请的合理性和必要性。
明确鉴定目的和预期结果：
- 在申请鉴定时，原告应明确鉴定目的和预期结果，以便法官评估鉴定申请的合理性和对案件结果的影响。
考虑其他证明方式：
- 若鉴定申请被拒绝，原告应考虑通过其他方式证明其主张，如加强证人证言的收集、提供更多书面证据等。
三、法律后果与风险提示
若法官决定合理：
- 若法官认为鉴定申请不符合法定条件或缺乏必要性而拒绝支持，原告应尊重法院决定，并考虑通过其他方式证明其主张。否则，原告可能面临败诉风险。
若法官决定存在瑕疵：
- 若原告认为法官的决定存在瑕疵（如未充分考虑其提供的证据或理由），原告可以在上诉或申诉过程中提出异议，并请求上级法院重新审查鉴定申请的合理性。
建议：在面对此类情况时，原告应积极与法官沟通，了解法官拒绝支持鉴定申请的具体理由，并根据理由调整诉讼策略。同时，原告也可以考虑咨询专业律师（如我），以获取更具体的法律建议和帮助。