结论：若刑事案件申诉后改判无罪，被告人有权要求单位恢复劳动关系或寻求相应赔偿，但具体能否实现需结合单位规章制度、劳动合同条款及实际情况综合判断。以下从法律背景、单位处理方式、救济途径三个角度展开分析：

一、法律背景：无罪判决的效力及单位开除的合法性

根据《刑事诉讼法》第12条及《刑法》第3条，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。若二审维持原判后申诉改判无罪，意味着原判决被撤销，被告人自始无罪。此时，单位基于“有罪判决”开除被告人的行为可能缺乏合法依据。

关键点：

1. 单位开除的合法性审查：单位开除员工需符合《劳动合同法》第39条规定的情形（如被依法追究刑事责任）。若原判决被撤销，被告人未被“依法追究刑事责任”，单位开除行为可能构成违法解除劳动合同。
2. 无罪判决的溯及力：无罪判决具有溯及力，即自判决生效之日起，被告人被视为从未受过刑事处罚。因此，单位基于“有罪”开除的依据不复存在。

二、单位可能采取的处理方式

1. 恢复劳动关系：若单位认可无罪判决的效力，可能主动恢复被告人的劳动关系，并补发申诉期间的工资及福利待遇。但实践中，单位可能以“内部规章制度”或“劳动合同约定”为由拒绝恢复劳动关系。
2. 拒绝恢复劳动关系：若单位拒绝恢复劳动关系，被告人需通过法律途径主张权利。此时，单位需承担举证责任，证明其开除行为合法（如证明被告人存在其他严重违反单位规章制度的行为）。

风险提示：

• 若单位能证明开除行为与“有罪判决”无关（如被告人存在旷工、贪污等独立违纪行为），则可能无需恢复劳动关系或赔偿。
• 若单位无法证明开除行为合法，则可能面临支付赔偿金的风险。

三、被告人的救济途径

1. 申请劳动仲裁：被告人可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位恢复劳动关系或支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金标准为经济补偿标准的二倍（即按工作年限，每满一年支付两个月工资）。 计算公式：赔偿金 = 工作年限 × 月工资 × 2 （注：月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，支付经济补偿的年限最高不超过十二年。）

2. 提起民事诉讼：若对仲裁结果不服，被告人可向人民法院提起民事诉讼，主张单位违法解除劳动合同并要求赔偿。

3. 申请国家赔偿：若被告人因原判决被错误羁押导致人身自由受损，可依据《国家赔偿法》第17条申请国家赔偿。但需注意，国家赔偿与劳动争议赔偿是两种不同的法律关系，需分别主张。

四、实务建议

1. 收集证据：被告人应收集无罪判决书、单位开除通知、劳动合同、工资记录等证据，以证明单位开除行为违法。
2. 及时主张权利：根据《劳动争议调解仲裁法》第27条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，被告人应在知道无罪判决生效后及时主张权利。
3. 咨询专业律师：劳动争议案件涉及法律关系复杂，建议被告人在仲裁或诉讼前咨询专业律师，制定合理的维权策略。

总结：申诉改判无罪后，被告人有权要求单位恢复劳动关系或寻求赔偿，但具体能否实现需结合单位规章制度、劳动合同条款及实际情况综合判断。建议被告人及时收集证据、主张权利，并咨询专业律师以维护自身合法权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。