结论：上班12小时吃饭扣除2小时是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合劳动法的相关规定以及劳动合同或公司规章制度的约定。
分析：
从劳动法规定来看：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果因特殊原因需要延长工作时间，每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。
- 在您描述的情况中，上班12小时显然超过了法定的每日工作时间。但关键在于，这12小时中是否包含了合理的休息时间，以及公司是否支付了相应的加班费。
从吃饭时间扣除的合理性来看：
- 如果吃饭时间被明确计入工作时间，并且公司因此支付了相应的工资，那么扣除吃饭时间可能并不违法，但前提是总工作时间（包括吃饭时间）不得超过法定上限，且公司需支付加班费（如果适用）。
- 如果吃饭时间被扣除后，实际工作时间超过了法定上限，且公司未支付加班费，那么这种扣除就是违法的。
从劳动合同或公司规章制度来看：
- 劳动合同或公司规章制度中可能明确规定了工作时间、休息时间和加班费的支付方式。如果这些规定与劳动法相符，并且得到了劳动者的同意，那么按照这些规定执行是合法的。
- 如果劳动合同或公司规章制度中的规定与劳动法相悖，或者未得到劳动者的同意，那么这些规定就是无效的，不能作为扣除吃饭时间的合法依据。
建议：
- 核实工作时间和加班费支付情况：首先，您需要核实自己的实际工作时间和公司是否支付了相应的加班费。如果实际工作时间超过了法定上限，且公司未支付加班费，那么您有权要求公司支付加班费或采取其他法律措施。
- 查看劳动合同和公司规章制度：其次，您需要查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于工作时间、休息时间和加班费支付方式的规定。如果这些规定与劳动法不符或未得到您的同意，您可以与公司协商修改或向劳动监察部门投诉。
- 寻求法律帮助：如果您对公司的做法有疑问或认为自己的权益受到了侵害，可以向我咨询或寻求其他法律帮助。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。
可能后果：
- 如果公司违法扣除吃饭时间且未支付加班费，您可能面临工资损失和权益受损的风险。在这种情况下，您有权要求公司支付拖欠的工资和加班费，并可能获得相应的经济补偿。
- 如果公司未按照劳动合同或公司规章制度的规定执行，您也可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。