结论：在实习期间已经毕业但还有三个月实习才结束的情况下，应当签订劳动合同。以下从不同角度为你详细分析：

法律关系角度

1. 身份转变：一旦你毕业，就从学生身份转变为社会劳动者身份。实习协议通常是针对在校学生的一种实践学习安排，而劳动合同则是规范劳动者与用人单位之间劳动关系的法律文件。毕业之后继续在原单位工作，若不签订劳动合同，双方的权利义务关系将缺乏明确的法律依据，容易引发纠纷。
2. 法律保护：签订劳动合同后，你作为劳动者的合法权益将受到《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规的全面保护。例如，你有权获得劳动报酬、休息休假、社会保险等福利待遇；在发生劳动争议时，劳动合同也是证明你与用人单位存在劳动关系的重要证据。如果不签订劳动合同，在维护自身权益时可能会面临举证困难等问题。

实习协议与劳动合同的区别角度

1. 内容差异：实习协议主要侧重于对实习期间的学习、实践安排、指导等方面的约定，重点在于培养学生的实践能力和专业技能。而劳动合同则更注重劳动报酬、工作时间、劳动保护、社会保险等与劳动相关的具体事项的约定。毕业之后继续工作，工作内容和性质可能已经发生了变化，需要更符合劳动关系特点的劳动合同来规范。
2. 法律责任：实习协议的违约责任相对较轻，主要依据协议约定和一般的民事法律原则来处理。而劳动合同则受到劳动法律法规的严格约束，用人单位和劳动者违反劳动合同约定，需要承担相应的法律责任，包括经济补偿、赔偿金等。签订劳动合同可以明确双方的法律责任，保障双方的合法权益。

实际操作角度

1. 保障权益：签订劳动合同可以明确你的工作岗位、工作内容、工作地点、劳动报酬、工作时间和休息休假等重要事项，避免在实际工作中出现模糊不清或争议的情况。例如，如果用人单位在实习结束后随意调整你的工作岗位或降低劳动报酬，你可以依据劳动合同的约定维护自己的权益。
2. 社会保险：根据法律规定，用人单位应当为劳动者缴纳社会保险。签订劳动合同后，用人单位就有义务为你办理社会保险登记并缴纳社会保险费，这可以为你的未来生活提供一定的保障，如养老保险、医疗保险、失业保险等。如果不签订劳动合同，用人单位可能会逃避缴纳社会保险的责任，损害你的利益。

特殊情况说明

如果用人单位以各种理由拒绝与你签订劳动合同，你可以采取以下措施：

1. 与用人单位协商：首先可以尝试与用人单位进行沟通，说明签订劳动合同的重要性和法律规定，争取用人单位的理解和配合。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令用人单位与你签订劳动合同。
3. 申请劳动仲裁：你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，你需要提供相关证据证明你与用人单位存在劳动关系，如工作证、工资支付记录、考勤记录等。

建议：为了保障自己的合法权益，建议你及时与用人单位沟通签订劳动合同的事宜。如果对劳动合同的条款有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。