结论：两家关联公司合并出具一份离职证明在法律上并无明确禁止，但需根据具体情况判断其合规性和有效性。以下从不同角度进行分析：
一、法律合规性角度
离职证明的法律要求：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
- 离职证明应包含劳动合同期限、解除或者终止劳动合同的日期、工作岗位、在本单位的工作年限等信息。
关联公司合并出具离职证明的合规性：
- 若两家关联公司存在合并、分立等情形，且劳动者的工作年限、工作岗位等信息在两家公司间连续计算，那么合并出具一份离职证明，在内容上能够完整反映劳动者的工作经历和离职情况，从法律上讲是可行的。
- 但需注意，离职证明应明确标注出涉及的两家关联公司名称、劳动者在两家公司的工作年限及岗位等信息，以确保离职证明的准确性和完整性。
二、实际操作角度
劳动者接受度：
- 劳动者可能更希望获得由实际工作过的公司分别出具的离职证明，以便在求职时更清晰地展示自己的工作经历。
- 若合并出具离职证明，劳动者应确保该证明能够被新雇主接受，并了解新雇主对离职证明的具体要求。
公司管理便利性：
- 对于关联公司而言，合并出具离职证明可能简化管理流程，减少重复工作。
- 但需确保离职证明的内容准确无误，避免因信息遗漏或错误而引发劳动纠纷。
三、潜在风险与建议
潜在风险：
- 若离职证明内容不完整或存在误导性信息，可能导致劳动者在求职时受阻或引发劳动纠纷。
- 若两家关联公司存在法律纠纷或财务问题，合并出具离职证明可能使劳动者卷入不必要的法律风险。
建议：
- 在合并出具离职证明前，应与劳动者充分沟通，了解其需求和意见。
- 确保离职证明内容准确无误，包括劳动者的工作年限、岗位、离职原因等信息。
- 若可能，可考虑在离职证明中附上两家关联公司的关系说明或相关法律文件，以增加离职证明的可信度和说服力。
总结：两家关联公司合并出具一份离职证明在法律上并无明确禁止，但需根据具体情况判断其合规性和有效性。在实际操作中，应充分考虑劳动者的接受度、公司管理的便利性以及潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。