结论：不予起诉的情况与工资补发是两个相对独立的问题，但通常来说，如果用人单位存在拖欠工资的行为，即使案件不予起诉，劳动者仍有权要求补发工资。以下从不同角度进行详细分析：
一、不予起诉的含义与适用情形
不予起诉，通常指的是在刑事案件中，检察机关认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪，或者犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚，而决定不向法院提起公诉。这一决定主要基于刑事法律的考量，与民事领域的工资支付问题无直接关联。
二、工资补发的法律依据与条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
- 《劳动保障监察条例》第二十六条也明确规定了用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可以加付赔偿金。
补发条件：
- 劳动者与用人单位之间存在劳动关系。
- 用人单位存在克扣或无故拖欠工资的行为。
- 劳动者能够提供相关证据证明用人单位的拖欠行为，如劳动合同、考勤记录、工资条等。
三、不予起诉与工资补发的关系
刑事案件不予起诉不影响民事权利：
- 刑事案件的不予起诉决定，仅表明检察机关认为该行为不构成犯罪或不需要追究刑事责任，并不影响劳动者在民事领域要求用人单位支付拖欠工资的权利。
劳动者仍可通过民事途径维权：
- 如果用人单位存在拖欠工资的行为，劳动者可以向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付拖欠的工资及经济补偿。
- 若投诉未果，劳动者还可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过民事途径维护自己的合法权益。
四、实际操作建议
收集证据：
- 劳动者应尽快收集与用人单位存在劳动关系以及用人单位拖欠工资的相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等。
向劳动监察部门投诉：
- 劳动者可以向当地劳动监察部门投诉用人单位的拖欠行为，要求劳动监察部门介入调查并责令用人单位支付拖欠的工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果投诉未果，劳动者可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及经济补偿。
- 对仲裁结果不服的，劳动者还可以向法院提起诉讼，通过司法程序维护自己的合法权益。
总结与建议：不予起诉的决定并不影响劳动者在民事领域要求用人单位支付拖欠工资的权利。如果用人单位存在拖欠工资的行为，劳动者应积极收集证据，并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。