村集体门面房租赁合同签了两年后要求补充协议是否合理，需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若原合同存在未明确事项或需变更条款，补充协议合理
   根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可变更合同。若原合同未约定租金调整机制、维修责任、优先续租权等关键条款，或因政策变化（如集体资产监管要求）、客观情况变化（如房屋改造、用途调整）需补充约定，村集体提出补充协议具有合理性。例如，原合同未约定租金递增方式，现因市场行情变化需补充约定每年递增5%，属于合法协商范畴。

2. 若村集体单方面强制补充条款且未协商，则不合理
   若村集体以“集体决策”“上级要求”等为由，未经承租人同意单方面增加义务（如强制缩短租期、提高租金至市场价3倍以上），或剥夺原合同权利（如取消优先续租权），则违反《民法典》第五百四十四条“变更合同需协商一致”的原则。此时承租人有权拒绝，并可要求继续履行原合同或主张违约赔偿。

3. 需注意补充协议的合法性边界
   即使双方协商一致，补充协议内容也不得违反法律强制性规定。例如：

   • 不得通过补充协议将门面房用途变更为住宅（违反规划用途）；
     
   • 不得约定“承租人自行承担所有维修责任”等显失公平条款（可能被认定为格式条款无效）；
     
   • 不得通过补充协议规避税费（如约定“租金分两部分支付，一部分开票，一部分不开票”）。

建议行动：

• 若村集体提出补充协议，先要求其出具书面理由及条款内容，核对是否与原合同冲突；
  
• 对不合理条款（如单方面提高租金、缩短租期）明确拒绝，并留存沟通记录；
  
• 若协商无果，可向乡镇政府或农村集体资产管理部门申请调解，或通过诉讼确认补充协议效力。
  

如有具体条款或协商细节需要分析，可直接向我提供更多信息，我会进一步结合法律条文为您解读。