私下两个人拟定的工程协议，只要满足法定条件，签字后通常是有效的。不过，协议的有效性会受到多种因素的影响，下面我将从不同角度为你详细分析：
一、协议有效的基本条件
双方真实意思表示：协议必须是双方自愿、平等协商后达成的，不存在欺诈、胁迫等情形。这是协议有效的前提和基础。
内容合法合规：协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中不能约定非法转包、违法分包等违法行为。
形式要件：虽然工程协议不一定需要采用书面形式（但根据《民法典》及相关规定，建设工程合同应当采用书面形式，这有助于明确双方的权利义务，减少纠纷），但如果是口头协议，一旦发生纠纷，举证将变得困难。因此，建议采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。
二、影响协议有效性的特殊因素
主体资格：签订协议的双方必须具备相应的民事行为能力。如果一方是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，那么其签订的协议可能无效或部分无效。
资质要求：在建设工程领域，承包方通常需要具备相应的施工资质。如果承包方不具备资质或超越资质等级签订协议，那么该协议可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
审批与备案：某些工程协议可能需要经过相关部门的审批或备案才能生效。如果未履行这些程序，协议的有效性可能会受到影响。
三、协议无效的法律后果
如果协议被认定无效，那么双方将无法依据协议主张权利或履行义务。此时，双方可能需要根据各自的过错程度承担相应的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。
四、建议与注意事项
采用书面形式：为了确保协议的有效性，建议双方采用书面形式签订工程协议，并明确约定双方的权利义务、违约责任等内容。
审查主体资格与资质：在签订协议前，双方应审查对方的主体资格和资质情况，确保对方具备签订和履行协议的能力。
履行审批与备案程序：如果协议需要经过相关部门的审批或备案，双方应及时履行这些程序，以确保协议的有效性。
保留证据：在协议履行过程中，双方应妥善保管与协议相关的证据材料，如付款凭证、验收报告等，以备不时之需。
如果你在工程款纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。