企业可依据规章制度对员工长时间外出抽烟不在岗的行为进行管理，但需确保制度合法、程序合规，并注意处理方式的合理性。具体分析如下：

1. 制度依据与合法性审查
   企业需先确认内部规章制度中是否明确规定了“工作时间不得擅自离岗”或“禁止长时间外出抽烟”等条款。若制度未明确，则难以直接处罚员工。

   • 合法性要求：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向员工公示或送达（如培训签到、邮件确认等）。若制度未履行上述程序，可能被认定为无效，企业据此处罚员工可能面临法律风险。
     
   • 合理性审查：即使制度合法，企业也需证明“长时间外出抽烟”已实际影响工作（如导致客户等待、任务延误等）。若员工仅偶尔短暂离岗且未造成损失，企业直接处罚可能被认定为过度管理。

2. 处理方式的合规性
   若制度合法且员工行为确实违规，企业可按以下步骤处理：

   • 调查取证：通过监控录像、同事证言、工作记录等方式，固定员工离岗的时间、频率及影响，避免仅凭主观判断处罚。
     
   • 分级处理：根据违规情节轻重，采取不同措施：
     
     • 首次或轻微违规：可先口头警告或书面提醒，要求员工签署《改进承诺书》，并明确后续违规的后果。
       
     • 多次或严重违规：若员工经提醒后仍不改正，可依据制度给予警告、记过、降薪等处分；若行为已构成“严重违反规章制度”（如累计离岗超2小时/日、导致重大损失等），企业可依法解除劳动合同，但需提前通知工会并留存证据。
       
   • 避免歧视性处理：处理时需确保对所有员工一视同仁，避免因员工性别、年龄等因素差异而区别对待，否则可能涉及就业歧视纠纷。

3. 员工权益保障与沟通

   • 申诉渠道：企业应告知员工对处理结果有异议时可提出申诉，并安排专人复核，避免因程序瑕疵引发争议。
     
   • 人性化调整：若员工因健康原因（如戒烟困难）需频繁离岗，企业可与其协商调整工时（如弹性工作时间）或提供戒烟辅助（如健康讲座、补贴），既体现人文关怀，又减少管理冲突。

建议：企业可定期审查规章制度，确保其合法有效；同时加强员工培训，明确工作纪律要求。若遇复杂情况（如员工拒不改正、引发群体争议等），可直接向我咨询具体应对方案。