针对您提出的“工程没竣工验收但已使用怎么处理”的问题，这是一个涉及法律责任和工程管理的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律后果与责任划分
视为工程已竣工：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，法律上会将转移占有建设工程之日视为竣工日期。这意味着，从法律层面，工程已被视为完成，相关责任和权益也将据此进行划分。
质量问题责任：
- 一般质量问题：一旦工程被擅自使用，发包人再以质量不符合约定为由主张权利，法院通常不予支持。这被视为发包人对工程质量的认可或同意自行承担质量问题责任。
- 地基基础和主体结构质量问题：无论工程是否被擅自使用，承包人都需在合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。这是承包人的法定责任，不受工程是否验收的影响。
行政处罚与合同违约：
- 建设单位未组织竣工验收或擅自交付使用不合格工程的，将面临相关行政部门的处罚，包括罚款及赔偿责任。
- 若施工合同中明确规定了竣工验收条款，未经竣工验收即使用工程将构成合同违约，发包人需承担违约责任。
二、实际处理建议
立即停止使用并补办手续：
- 如果工程尚未经过竣工验收但已被使用，建设单位应立即停止使用，并尽快组织竣工验收，补办相关手续。这是规避法律风险、确保工程合法性和安全性的必要步骤。
与承包人协商处理质量问题：
- 对于已发现的质量问题，建设单位应与承包人积极协商，明确责任归属，并共同制定解决方案。如果问题属于地基基础或主体结构范畴，承包人需承担相应责任；如果属于一般质量问题，且已被视为认可，建设单位可能需要自行承担修复费用。
准备应对可能的法律纠纷：
- 建设单位应做好应对可能法律纠纷的准备，包括收集相关证据、咨询专业律师等。在纠纷发生时，能够依法维护自身权益，减少损失。
三、预防措施与未来建议
严格遵守法律法规和合同约定：
- 建设单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保工程在竣工验收合格后再投入使用。这是避免法律纠纷和经济损失的根本途径。
加强工程管理和监督：
- 建设单位应加强对工程的管理和监督，确保工程质量符合合同约定和法律法规要求。在工程竣工后，及时组织验收，确保工程合法合规使用。
建立完善的纠纷解决机制：
- 建设单位应与承包人建立完善的纠纷解决机制，包括协商、调解、仲裁或诉讼等方式。在纠纷发生时，能够迅速、有效地解决问题，减少损失和影响。
综上所述，工程没竣工验收但已使用是一个复杂且敏感的问题。建设单位应严格遵守法律法规和合同约定，确保工程合法合规使用；同时，应积极与承包人协商处理质量问题，准备应对可能的法律纠纷，并加强工程管理和监督，预防类似问题的再次发生。