即使工程未验收合格但已经交付使用，承包人依然无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿，发包人可请求承包人承担修复费用或赔偿损失。下面我将对此进行详细分析：

一. 工程未验收合格的处理

1. 承包人无权请求折价补偿：根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条的规定，如果建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。这意味着，在工程未验收合格的情况下，承包人不能按照原合同的约定要求支付工程款项。
2. 发包人的权利：同样依据该法条，如果修复后的建设工程经验收合格，发包人有权请求承包人承担修复费用。此外，如果因建设工程不合格给发包人造成了损失，且发包人对此有过错，发包人还应当承担相应的责任。

二. 交付使用的法律后果

• 尽管工程已经交付使用，但这并不改变其未验收合格的事实。因此，法律上关于未验收合格工程的规定依然适用。交付使用并不能视为对工程质量的认可，也不能作为承包人要求支付工程款项的依据。

三. 实际操作建议

• 我建议双方应尽快协商解决工程质量问题，包括修复工程以达到验收标准或就损失赔偿达成一致。如果协商不成，发包人可以依法向法院提起诉讼，要求承包人承担相应的法律责任。
• 同时，为了避免类似纠纷的发生，我建议在未来签订建设工程施工合同时，双方应明确约定验收标准、验收程序以及不合格工程的处理方式等条款，以确保合同的合法性和有效性。

综上所述，即使工程已经交付使用，但由于未验收合格，承包人依然无权要求支付工程款项。双方应依据法律规定和合同约定，妥善处理工程质量问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。