工厂员工在自动离职后，其工资的计算是一个涉及多个方面的过程，需要遵循相关法律法规，并确保员工的合法权益不受侵害。以下是对工厂离职工资计算的详细解答：
一、工资计算的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。因此，即使员工自动离职，只要提供了劳动，工厂就必须按照劳动合同约定的工资标准和国家规定支付劳动报酬。
二、工资计算的具体方法
确定日工资标准：
- 日工资的计算通常基于月工资总额和月计薪天数。月计薪天数一般为21.75天，这是法定的用于将月工资折算为日工资的天数。
- 例如，如果员工的月工资为5000元，那么其日工资约为229.89元（5000元 ÷ 21.75天）。
根据实际出勤天数计算应得工资：
- 员工应得工资是其日工资乘以实际工作的天数。
- 如果员工当月实际工作了15天，那么其应得工资为3448.35元（229.89元 × 15天）。
加班工资的计算：
- 如果员工在离职前有加班情况，加班工资也应计入应得工资中。
- 工作日加班：按不低于劳动合同规定的小时工资标准的150%支付。
- 休息日加班且不能安排补休：按不低于日或小时工资标准的200%支付。
- 法定休假日加班：按不低于日或小时工资标准的300%支付。
其他收入项目的考虑：
- 如绩效工资、奖金等，也应根据劳动合同或公司规定及实际出勤情况相应计算并支付。
- 与出勤相关的奖金、津贴等，应按员工实际出勤情况按比例发放。
三、可能存在的扣除情况
- 如果员工自动离职给工厂造成了直接经济损失，工厂可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿。但需要注意的是，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 对于社会保险和住房公积金的个人承担部分，以及其他法定扣除项（如法院判决要求代扣的抚养费、赡养费等），应从工资中按规定扣除。
四、工资结算的时间与实际操作
- 工厂应在与员工解除劳动合同时一次性付清工资，一般不超过离职后的下一个工资支付周期。
- 对于未办理离职手续的员工，工厂可以暂扣工资，直到员工办理完离职手续后再予以发放。但这一做法应符合相关法律法规的规定，并避免侵犯员工的合法权益。
五、维权途径与建议
- 如果员工对工资计算有异议或工厂未按时支付工资，员工应首先尝试与工厂沟通协商，要求其按规定支付工资。
- 如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，由其进行调查并责令工厂支付工资。
- 如果问题仍未解决，员工可以在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
综上所述，工厂员工在自动离职后，其工资的计算应严格遵循法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。工厂应依法计算并支付工资，同时员工也需了解自身权益，必要时采取合法途径维护自己的合法权益。