员工怀孕了，在离职时是可以选择不说明怀孕原因的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律角度
离职自由：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有离职的自由。员工在离职时，无需向用人单位说明具体的离职原因，除非双方在劳动合同中有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。
隐私保护：怀孕属于员工的个人隐私信息。员工有权选择是否向用人单位披露这一信息。如果员工不愿意在离职时说明怀孕原因，用人单位不得强迫员工透露，也不得因此对员工进行歧视或不利对待。
二、实际操作角度
离职手续：员工在离职时，通常需要按照用人单位的规定办理离职手续，如填写离职申请表、交接工作等。在这些手续中，员工无需详细说明离职原因，只需按照要求完成相关流程即可。
潜在风险：虽然员工在离职时可以选择不说明怀孕原因，但需要注意的是，如果员工在离职后发现用人单位存在违法行为（如未支付经济补偿、未办理社保转移等），员工仍然有权依法维护自己的权益。此时，如果员工能够证明离职与怀孕无关，或者用人单位无法证明离职与怀孕有关，那么员工在维权过程中可能会更加顺利。
三、建议与注意事项
保留证据：无论员工是否选择说明怀孕原因，都建议员工在离职前保留好与用人单位的沟通记录、工作交接单等相关证据，以备不时之需。
谨慎处理：如果员工担心离职后可能出现的纠纷或风险，可以在离职前与用人单位进行友好沟通，明确双方的权利和义务，尽量达成书面协议，以减少后续争议的可能性。
法律咨询：如果员工对离职过程中的法律问题存在疑虑或不确定，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和建议。