结论前置：发包方明知工程质量有问题，仍擅自使用，一般应自行承担相应责任。但承包人仍需在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。

分析说明：

1. 发包人擅自使用的责任：

   • 根据《民法典》第七百九十九条第二款规定，建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。若发包人擅自使用未经验收的建设工程，应自行承担因使用而出现的质量问题。
   • 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条也明确指出，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持。

2. 承包人的责任范围：

   • 尽管发包人擅自使用，但承包人并非完全免责。根据相关规定，承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。这是因为地基基础工程和主体结构是建筑工程的核心部分，其质量直接关系到建筑的安全和使用寿命。
   • 无论建筑工程是否经过验收、发包人是否擅自使用，如果地基基础工程和主体结构在合理使用寿命内出现质量问题，承包人都需承担相应的责任。

特殊场景：

• 若发包人仅对部分工程擅自使用，而对未使用部分出现质量问题，仍应由承包人承担责任。这是因为发包人擅自使用的行为仅对其使用部分的质量风险产生了影响，而未使用部分的质量问题仍应归咎于承包人的施工或材料质量。

法律建议：

• 对于发包人而言，在未经竣工验收的情况下，应谨慎使用建设工程，以免因擅自使用而承担不必要的质量责任。
• 对于承包人而言，应确保施工质量，特别是在地基基础工程和主体结构方面，以确保在合理使用寿命内不出现质量问题。同时，对于发包人的擅自使用行为，也应及时提出异议并保留相关证据，以维护自身权益。

综上所述，发包方明知工程质量有问题仍擅自使用，一般应自行承担相应责任。但承包人也需对地基基础工程和主体结构质量在合理使用寿命内承担民事责任。双方在处理此类问题时，应充分了解各自的权利和义务，并依法行事。