关于甲方对工程已结算单签字后到法院申请鉴定，费用由谁支付的问题，这主要取决于鉴定申请的原因和双方合同中的约定，以及法院的最终裁定。以下从几个角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 如果双方在建设工程合同中明确约定了鉴定费用的承担方式，比如约定由哪一方承担因结算争议而产生的鉴定费用，那么应当遵循合同约定。这是基于合同自由原则，双方有权在合同中约定各自的权利和义务。

2. 鉴定申请的原因：

   • 如果鉴定申请是由于甲方对结算单的真实性、准确性或合法性有异议而提出的，且最终鉴定结果支持了甲方的异议，那么鉴定费用可能会由乙方（即施工单位）承担，因为乙方提供的结算单未能得到甲方的认可，且鉴定结果证明了甲方异议的合理性。
   • 反之，如果鉴定结果支持了乙方的结算单，即证明了结算单的真实性、准确性或合法性，那么鉴定费用可能会由甲方承担，因为甲方提出的异议未能得到鉴定结果的支持。

3. 法院裁定：

   • 在没有合同约定或合同约定不明确的情况下，鉴定费用的承担可能会由法院根据案件的具体情况、双方的责任大小以及公平原则进行裁定。法院会综合考虑各种因素，如双方的经济状况、争议的原因、鉴定结果对案件的影响等，来做出合理的裁定。

4. 特殊情况：

   • 如果鉴定申请是由于第三方原因（如政府行为、不可抗力等）导致的，且这些原因与双方均无关，那么鉴定费用可能会由双方共同承担，或者根据具体情况由法院裁定由某一方承担。

法律建议：

• 在签订建设工程合同时，双方应明确约定鉴定费用的承担方式，以避免未来可能出现的争议。
• 如果发生结算争议并需要鉴定，双方应积极配合鉴定工作，提供必要的资料和证据，以便鉴定机构能够准确、公正地做出鉴定结果。
• 如果对鉴定结果有异议，可以在规定的时间内提出复议或申请重新鉴定，但应确保异议的合理性和合法性。

可能后果：

• 如果鉴定费用承担问题未能得到妥善解决，可能会导致案件处理时间延长、诉讼成本增加等不利后果。
• 因此，双方应尽可能通过协商、调解等方式解决争议，以减少不必要的法律纠纷和损失。

总结来说，鉴定费用的承担问题需要根据合同约定、鉴定申请的原因以及法院的裁定来确定。双方在签订合同时应明确约定相关条款，并在发生争议时积极寻求合理、合法的解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。