竣工结算款不扣除质量保证金的情况并非绝对，是否扣除主要取决于合同约定以及相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：
合同约定优先：
- 在建设工程合同中，双方可以明确约定竣工结算款的支付方式，包括是否扣除质量保证金。如果合同中明确规定了不扣除质量保证金，或者对质量保证金的扣除有特定条件（如特定时间节点、特定质量验收标准等），且这些条件在竣工结算时未满足，那么竣工结算款中就不应扣除质量保证金。
- 示例：假设合同中约定，在工程竣工验收合格后一年内，如未出现质量问题，则竣工结算款全额支付，不扣除质量保证金。若工程在一年内未出现质量问题，那么竣工结算款就不应扣除质量保证金。
法律法规的规定：
- 根据相关法律法规，如《建设工程质量管理条例》等，虽然规定了建设单位应当按照合同约定及时拨付工程款项，并预留一定比例的质量保证金，但并未明确规定竣工结算款必须扣除质量保证金。质量保证金的预留和扣除更多是基于合同双方的约定。
- 需要注意的是，如果法律法规或地方性规章对质量保证金的预留比例、预留方式或扣除条件有具体规定，且这些规定与合同约定不一致时，应优先遵循法律法规的规定。但在实际操作中，合同双方通常会在合同中明确约定以合同约定为准，除非法律法规有强制性规定。
质量保证金的性质与目的：
- 质量保证金是建设单位为确保工程质量而预留的一部分款项，用于在工程出现质量问题时进行维修或赔偿。其性质更类似于一种担保或保证金，而非工程款项的直接扣除。
- 因此，在工程竣工结算时，如果工程质量符合合同约定和相关标准，且没有出现需要维修或赔偿的问题，那么就没有理由扣除质量保证金。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，建设单位和施工单位可能会就质量保证金的扣除问题进行协商。如果双方对工程质量无异议，且施工单位能够提供充分的担保或证明其有能力承担未来可能出现的维修责任，那么建设单位可能会同意不扣除质量保证金。
- 此外，如果合同中约定了质量保证金的返还条件和时间节点，且这些条件在竣工结算时已经满足，那么建设单位也应按照合同约定返还质量保证金。
建议：
- 对于建设单位和施工单位而言，在签订建设工程合同时，应明确约定质量保证金的预留比例、预留方式、扣除条件以及返还时间等关键条款，以避免在竣工结算时出现争议。
- 如果双方对质量保证金的扣除问题存在争议，可以首先通过协商解决；协商不成的，可以依据合同约定或相关法律法规向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
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