可以扣除质量保证金，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同约定优先

• 核心依据：若施工合同中明确约定了“质量未达标可扣除保证金”的条款，且该条款不违反法律强制性规定（如《民法典》关于合同效力的规定），则发包方有权依据合同扣除。
• 操作要点：需证明工程质量未达标的事实（如验收报告、检测报告等），并确保扣除金额不超过合同约定的比例或限额。

2. 法定情形下的扣除

• 法律依据：根据《建设工程质量管理条例》及相关司法解释，若工程质量问题属于承包方责任（如未按设计图纸施工、使用不合格材料等），且导致工程无法通过验收或存在严重安全隐患，发包方有权要求修复或扣除保证金。
• 例外情形：若质量问题由发包方原因导致（如设计变更未及时通知、提供材料不合格等），则承包方不承担责任，保证金不应被扣除。

3. 扣除程序需合法

• 通知义务：发包方应在发现质量问题后，及时书面通知承包方，并要求其在合理期限内修复。若承包方拒绝修复或修复后仍不达标，发包方方可扣除保证金。
• 证据留存：扣除前需固定证据（如验收记录、检测报告、沟通记录等），避免因证据不足被认定为违约。

4. 扣除金额的限制

• 比例限制：保证金扣除比例通常不超过合同总价的5%（具体以合同约定为准），且扣除后剩余保证金应足以覆盖后续可能的质量修复费用。
• 超额处理：若扣除金额超过实际损失，承包方有权要求返还超额部分；若不足，发包方可另行主张赔偿。

5. 争议解决途径

• 协商优先：双方可先通过协商解决，如调整扣除金额、分期扣除等。
• 诉讼/仲裁：若协商不成，发包方需通过诉讼或仲裁确认扣除的合法性，避免单方扣除被认定为违约。

法律建议

1. 发包方：在合同中明确质量标准、验收程序及保证金扣除条款；发现质量问题后，及时固定证据并通知承包方。
2. 承包方：严格按合同施工，保留施工记录及材料合格证明；若对扣除有异议，可要求发包方提供证据或通过法律途径维权。

示例：若合同约定保证金为合同价的5%，工程因混凝土强度不达标未通过验收，发包方需提供检测报告证明问题，并通知承包方在15日内修复。若承包方未修复，发包方可扣除不超过5%的保证金，但需确保扣除金额与实际损失相当。

如有具体合同条款或案情细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。