在综合工时制下，年休假不应累计入年工时工资，即年休假期间不计入工时总数，但劳动者在年休假期间享有带薪待遇。以下是对这一问题的详细分析：
一、年休假的性质与法律规定
年休假是《职工带薪年休假条例》赋予劳动者的合法权益，旨在保障劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松，恢复体力和精力。根据该条例，无论采用何种工时制度，职工只要连续工作满12个月以上，即有权享受带薪年休假。年休假是劳动者的一种福利，其本质是为了让劳动者得到充分的休息，而非继续提供劳动。
二、综合工时制的特点与工时计算
综合工时制是一种特殊的工时制度，它以一定周期（如周、月、季、年）为单位综合计算工作时间。在这种制度下，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，但具体的工作时间安排更加灵活。从工时计算的角度来看，综合工时制下的工时计算主要依据劳动者实际从事工作的时间。年休假期间，劳动者并未实际提供劳动，因此不应将年休假时间计算在工时内。
三、年休假期间的工资支付
虽然年休假不算工时，但劳动者在年休假期间是享有带薪待遇的。根据《职工带薪年休假条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》，用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资报酬。这一规定确保了劳动者在享受年休假的同时，不会因未实际工作而遭受经济损失。具体来说，对于应休未休的年休假天数，用人单位应按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬（其中包含职工正常工作期间的工资收入，即实际支付为日工资收入的200%作为补偿）。
四、实际操作中的考量因素
工时统计与管理：用人单位在统计和管理综合工时制下的工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和年休假时间等不同的时间类别。建立健全的考勤制度和工时记录制度对于确保工时计算的准确性和合规性至关重要。
合理安排工作与休息：用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作任务，又能享受到充分的休息。通过合理的工作安排和休息制度，可以提高劳动者的工作效率和满意度，同时降低因过度劳累而导致的健康问题和安全风险。
五、特殊情况下的处理
若因工作需要，用人单位确需安排劳动者在年休假期间工作的，应依法支付加班费，并确保劳动者的年休假权益在后续得到补足。同时，若劳动者因个人原因放弃年休假，用人单位应要求劳动者出具书面声明，并妥善保存相关证据，以避免未来可能产生的劳动争议。
总结与建议：
在综合工时制下，年休假不应累计入年工时工资，但劳动者在年休假期间享有带薪待遇。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到有效保障。在实际操作中，用人单位应建立健全的考勤制度和工时记录制度，合理安排员工的工作和休息时间，并依法支付加班费和年休假工资报酬。若您在年休假或工资福利方面遇到任何问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。