医学证明书没有过错但鉴定意见认为存在过错时，鉴定意见是有可能推翻医学证明书的结论的，但具体能否推翻，需结合实际情况和证据综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、鉴定意见的效力与医学证明书的对比

1. 鉴定意见的权威性：

   • 鉴定意见通常由具有专业资质和经验的鉴定机构或专家出具，其结论基于科学的方法和严谨的程序，因此在法律上具有较高的证明力。
   • 当鉴定意见与医学证明书存在冲突时，法院或相关机构往往会更加重视鉴定意见，尤其是当鉴定意见能够提供更详细、更科学的分析时。

2. 医学证明书的局限性：

   • 医学证明书虽然也是由医疗机构或医生出具，但其内容可能受到多种因素的影响，如医生的经验、知识水平、当时的治疗条件等。
   • 医学证明书可能无法全面反映治疗过程中的所有细节和潜在风险，因此其结论可能存在一定的局限性。

二、推翻医学证明书结论的可能途径

1. 对鉴定意见的质证：

   • 如果认为鉴定意见存在错误或不合理之处，可以通过质证的方式提出异议。质证时，可以要求鉴定人出庭接受询问，就鉴定意见的依据、方法、程序等进行说明。
   • 如果能够提供充分的证据证明鉴定意见存在错误或不合理，法院或相关机构可能会采纳质证意见，从而推翻医学证明书的结论。

2. 申请重新鉴定：

   • 如果对鉴定意见有异议，还可以申请重新鉴定。重新鉴定时，可以选择更权威、更专业的鉴定机构或专家进行鉴定。
   • 如果重新鉴定的结论与之前的鉴定意见不同，且能够提供更充分的证据支持其结论，那么法院或相关机构可能会采纳重新鉴定的结论，从而推翻医学证明书的结论。

三、实际操作中的注意事项

1. 及时收集证据：

   • 在发现医学证明书与鉴定意见存在冲突时，应及时收集相关证据，如病历资料、治疗记录、专家意见等，以支持自己的主张。

2. 咨询专业律师：

   • 由于医疗纠纷涉及复杂的法律问题和专业知识，建议在处理此类纠纷时咨询专业律师。律师能够提供专业的法律意见和策略，帮助你更好地维护自己的权益。不过在这里你可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详细的建议。

3. 尊重法律程序：

   • 在处理医疗纠纷时，应尊重法律程序，按照法律规定的途径和方式维护自己的权益。避免采取过激或违法的行为，以免给自己带来不必要的麻烦。

总结来说，虽然医学证明书在没有过错的情况下具有一定的证明力，但当鉴定意见认为存在过错时，鉴定意见是有可能推翻医学证明书的结论的。具体能否推翻，需结合实际情况和证据综合判断。如果你面临此类纠纷，建议及时咨询专业律师（即我），以便更好地维护自己的权益。