是否需要缴纳农民工保证金与工期90天无直接必然联系，主要取决于工程所在地的地方性法规、规章或政策要求以及工程性质、规模等因素。具体分析如下：

1. 地方性法规、规章或政策要求
   农民工保证金制度（又称农民工工资保证金）的设立目的是保障农民工工资支付，防止因拖欠工资引发的社会问题。其缴纳要求通常由各省、自治区、直辖市根据《保障农民工工资支付条例》（国务院令第724号）等上位法制定具体实施细则。例如：

   • 部分地区规定，所有建设工程（无论工期长短）均需缴纳保证金，但可能根据工期、合同金额等因素调整缴纳比例或金额；
   • 部分地区仅对特定类型工程（如政府投资项目、国有企业建设项目）或达到一定规模的工程强制要求缴纳；
   • 少数地区可能对短期工程（如工期低于一定天数）给予豁免或降低缴纳标准。

2. 工程性质与规模的影响
   即使工期为90天，若工程属于以下情形，仍可能需缴纳保证金：

   • 政府投资项目：根据《政府投资条例》及地方规定，通常需严格落实工资支付保障制度；
   • 国有企业或上市公司建设项目：部分地区要求此类主体承担更高社会责任，强制缴纳保证金；
   • 合同金额较大：即使工期短，若合同总价超过地方规定的阈值，可能触发缴纳义务；
   • 历史欠薪记录：若建设单位或施工单位过去存在欠薪行为，可能被要求额外缴纳保证金。

3. 例外情形与减免政策
   部分地区对符合条件的企业或项目提供减免政策，例如：

   • 信用良好企业：连续多年无欠薪记录的企业可申请减免；
   • 银行保函替代：允许以银行保函、工程担保公司保函或工程保证保险替代现金缴纳；
   • 短期工程豁免：明确规定工期低于一定天数（如60天）的工程无需缴纳，但90天可能不在豁免范围内。

建议行动：

1. 查阅工程所在地住建部门、人社部门发布的最新文件，确认具体缴纳要求；
2. 若工程属于地方性法规明确的强制缴纳范围，应按标准及时缴纳，避免因欠薪被行政处罚或列入失信名单；
3. 若符合减免条件，可准备相关材料（如信用证明、保函等）向主管部门申请减免或替代缴纳。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体地区的政策细节或操作流程。