结论：与分公司签订合同后，付款给总公司在法律上是否可行，需根据具体情况判断，主要包括合同约定、分公司授权情况及总公司与分公司之间的内部约定等因素。

一、合同约定是关键

1. 合同明确约定收款方为总公司：

   • 若合同中明确约定收款方为总公司，则付款给总公司是符合合同约定的，不存在法律障碍。
   • 例子：假设A公司与B公司的分公司签订了一份采购合同，合同中明确约定货款应支付给B公司（总公司），则A公司按照合同约定付款给B公司是合法的。

2. 合同未明确约定收款方或约定可付款给分公司：

   • 若合同未明确约定收款方，或明确允许付款给分公司，但实际操作中希望付款给总公司，则需与分公司协商一致，并可能涉及合同变更或补充协议。
   • 法律建议：在此情况下，建议与分公司签订补充协议，明确付款给总公司的安排，以避免潜在纠纷。

二、分公司授权情况

1. 分公司获得总公司明确授权：

   • 若分公司获得总公司的明确授权，可以代表总公司收款，则付款给总公司（在分公司授权范围内）可视为对分公司的付款，由总公司承担相应法律责任。
   • 例子：B公司授权其分公司代表B公司收取某笔货款，A公司与B公司分公司签订合同后，将货款支付给B公司（总公司），并附上分公司授权文件，此付款行为合法。

2. 分公司未获得授权或越权：

   • 若分公司未获得总公司授权或越权收款，则付款给总公司可能构成违约或无效行为，具体取决于合同相对方的态度及法律规定。
   • 法律建议：在与分公司签订合同前，务必确认其是否获得总公司的收款授权，并要求提供授权文件。

三、总公司与分公司之间的内部约定

1. 内部约定允许付款给总公司：

   • 若总公司与分公司之间有内部约定，允许在特定情况下将合同款项支付给总公司，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则付款给总公司是合法的。
   • 法律建议：为确保内部约定的合法性，建议将内部约定以书面形式固定下来，并作为合同附件或补充协议的一部分。

2. 内部约定不明确或存在争议：

   • 若总公司与分公司之间的内部约定不明确或存在争议，则付款给总公司可能引发法律纠纷。
   • 法律建议：在此情况下，建议与分公司及总公司协商解决争议，并尽可能达成书面协议以明确付款安排。

四、实际操作中的注意事项

1. 确保合同、付款、发票一致：

   • 为避免税务风险和财务处理混乱，建议确保合同主体、付款流、发票流一致。若因特殊原因需付款给总公司，应确保合同中有相应约定或获得合同相对方的书面同意。

2. 加强内部管理：

   • 总公司和分公司应加强内部管理，明确各自职责和权限，避免出现越权收款或付款的情况。

3. 咨询专业意见：

   • 在涉及复杂法律关系或高额款项支付时，建议咨询专业律师或会计师的意见，以确保所有操作的合法性和合规性。

总结：与分公司签订合同后付款给总公司是否可行，需根据合同约定、分公司授权情况及总公司与分公司之间的内部约定等因素综合判断。在实际操作中，建议加强合同管理、内部管理和风险控制，以确保所有行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步法律建议，请直接向我咨询。