结论：公司以你上班时经常上厕所超过三个小时构成严重旷工为由开除你，这一做法是否合法需分情况讨论，不能一概而论。
一、旷工的认定标准
旷工通常指的是员工无正当理由未到岗工作，或者到岗后未经批准擅自离岗，影响正常工作秩序的行为。对于你上班时上厕所时间较长的情况，是否构成旷工，需结合以下因素综合判断：
上厕所的必要性：便秘是一种生理状况，上厕所是满足基本生理需求的必要行为。如果上厕所的时间确实是由于生理原因导致，且无法通过其他方式（如调整饮食、服用药物等）在短时间内解决，那么上厕所的时间不应被视为旷工。
上厕所的频率和时长：虽然上厕所是必要行为，但也需要合理控制频率和时长。如果上厕所的频率过高，或者每次上厕所的时间过长（如超过合理范围，且未提前向公司说明情况或获得批准），可能会影响正常工作秩序，此时公司有权进行管理和干预。
公司的规章制度：公司是否有明确的规章制度对上厕所的时间、频率等进行限制，以及这些规定是否合理、合法。如果公司的规章制度过于严苛，或者未充分考虑员工的生理需求，那么这些规定可能不具有法律效力。
二、公司开除你的合法性分析
如果上厕所时间不构成旷工：如果上厕所的时间是由于生理原因导致，且未超过合理范围，或者公司没有明确的规章制度对此进行限制，那么公司以你严重旷工为由开除你，可能缺乏合法依据。此时，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司撤销开除决定，并支付相应的经济补偿。
如果上厕所时间构成旷工：如果上厕所的频率过高、时长过长，且未提前向公司说明情况或获得批准，影响了正常工作秩序，且公司有明确的规章制度对此进行限制，那么公司有权依据规章制度对你进行处罚，包括开除。但需要注意的是，公司在开除你之前，应依法履行相应的程序，如提前通知、听取你的陈述和申辩等。如果公司未履行这些程序，或者处罚过重，你也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
三、建议
与公司沟通：首先，建议你与公司进行沟通，说明你上厕所时间较长的原因，并尝试协商解决方案。如果公司能够理解并接受你的情况，那么问题可能得到妥善解决。
收集证据：如果与公司沟通无果，或者你认为公司的开除决定缺乏合法依据，那么建议你收集相关证据，如医疗证明、上厕所记录、公司规章制度等，以备后续维权之需。
申请仲裁或提起诉讼：如果无法通过沟通解决问题，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司撤销开除决定并支付经济补偿。如果对仲裁结果不满，你还可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
总之，公司以你上班时经常上厕所超过三个小时构成严重旷工为由开除你，这一做法是否合法需分情况讨论。如果你认为公司的开除决定缺乏合法依据，建议你及时收集证据并申请仲裁或提起诉讼，以维护自己的合法权益。如有其他疑问，可以直接向我咨询。