关于“学校扣老师考勤的钱是否合法”这一问题，我们可以从法律的角度进行详细分析。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经过一定的民主程序，即与职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或者职工代表平等协商确定。此外，这些规章制度和重大事项决定在实施过程中，还需要公示或者告知劳动者。

现在，我们针对学校扣老师考勤钱的情况进行具体分析：

1. 规章制度是否合法：

   • 如果学校扣老师考勤的钱是基于其内部规章制度，那么这些规章制度必须首先经过民主程序制定，并且已经公示或告知了老师。
   • 如果规章制度未经民主程序制定，或者未公示、未告知老师，那么这些规章制度在法律上可能是无效的，学校依据这些规章制度扣款也就可能不合法。

2. 扣款是否合理：

   • 即使规章制度是合法的，学校扣款也必须合理。例如，扣款金额不能过高，不能超出老师因缺勤给学校造成的实际损失。
   • 如果扣款金额过高或者不合理，老师有权提出异议，并可以通过法律途径维护自己的权益。

3. 劳动合同是否有约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了关于考勤和扣款的相关条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么学校依据劳动合同扣款可能是合法的。
   • 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么学校扣款就可能缺乏法律依据。

结合您提供的参考信息中的案例，小陈所在学校既未提交证明其对小陈实施处罚扣款所依据的内部规章制度系经民主程序制定并公示或告知的证据，也未提交证明双方对处罚扣款进行明确约定的证据，因此仲裁委员会裁决学校返还小陈被处罚扣款的工资。

综上所述，学校扣老师考勤的钱是否合法，取决于其内部规章制度是否合法、扣款是否合理以及劳动合同中是否有相关约定。如果学校扣款行为存在上述任何一项不合法或不合理的情况，老师都有权提出异议，并可以通过法律途径维护自己的权益。