针对员工在三个月内有二次早退行为的情况，处理这一问题需要综合考虑公司制度、沟通教育以及必要的惩罚措施，以确保既维护公司纪律，又体现对员工的关怀与引导。以下是一个详细的处理建议：

一、核实早退事实与依据

首先，需要核实员工的早退行为是否确实存在，这通常可以通过查看打卡记录、监控录像或同事证言等方式进行确认。确保有充分的证据支持对员工的处理决定。

二、依据公司制度进行处理

1. 回顾公司制度：查阅员工手册或劳动合同中关于早退的定义、处罚标准以及申诉流程等相关条款，确保处理决定符合公司规定。

2. 首次违规处理（若第一次早退未处理或处理较轻）：

   • 对于首次早退，如果之前未进行严肃处理或处理较轻，可以给予口头警告，并明确告知员工早退的严重性以及公司对此的态度。
   • 记录此次警告在员工档案中，作为后续处理的参考。

3. 二次违规处理：

   • 鉴于员工在三个月内已有二次早退行为，这已构成较为严重的违纪。此时，应给予书面警告，并明确扣除当日工资或相应绩效奖金作为惩罚。
   • 书面警告应详细说明早退的时间、地点、事实依据以及公司的处理决定，并要求员工签字确认。
   • 同时，将书面警告抄送直属上级和人力资源部门备案，以便后续跟踪和管理。

三、沟通教育与引导

1. 绩效面谈：与员工进行绩效面谈，了解其早退的具体原因，如是否因工作安排不合理、个人生活困难或其他特殊情况导致。

2. 签订改进计划：根据面谈结果，与员工共同制定改进计划，明确未来一段时间内（如一个月或三个月）的出勤要求，以及未达到要求时的进一步处理措施。

3. 提供支持与帮助：如果员工早退是由于工作或生活上的困难导致的，公司应提供必要的支持和帮助，如调整工作安排、提供心理咨询或生活援助等。

四、预防机制与正向激励

1. 完善考勤制度：确保公司考勤制度明确、合理，并得到有效执行。可以考虑引入更先进的考勤管理系统，如指纹识别或人脸识别等，以提高考勤的准确性和公正性。

2. 建立正向激励机制：设置全勤奖、月度敬业奖等奖励机制，对出勤表现优秀的员工给予物质和精神上的奖励，以激发员工的积极性和归属感。

3. 改善工作环境与氛围：通过匿名问卷等方式了解员工对工作环境和氛围的满意度，针对性地进行改善和优化，以减少因工作环境不佳导致的早退行为。

五、法律风险防范

在处理员工早退问题时，公司应确保所有处理决定都符合相关法律法规的要求，如《劳动合同法》等。在解除劳动合同等严重处理决定前，应确保有充分的证据支持，并遵循法定程序进行通知和听证等。

综上所述，针对员工在三个月内有二次早退行为的情况，公司应依据制度进行处理、加强沟通教育与引导、建立预防机制与正向激励，并防范法律风险。通过这些措施的综合运用，可以有效减少员工早退行为的发生，维护公司的正常运营秩序。