关于政府投资项目施工合同中约定施工方垫资，合同是否无效的问题，不能一概而论，需结合具体情况分析：

1. 一般原则：合同效力取决于是否违反法律、行政法规的强制性规定

根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定且不违背公序良俗。若施工合同中的垫资条款是双方真实意思表示，且未违反法律、行政法规的强制性规定，则该条款及合同整体有效。

1. 特殊情形：若垫资条款违反法律、行政法规的强制性规定，则可能无效

   • 违反招投标法规定：若政府投资项目属于必须招标的范围，而施工合同未经过招标程序，或招标程序存在违法情形（如串通投标、虚假招标等），则合同可能因违反《中华人民共和国招标投标法》的强制性规定而被认定无效。此时，垫资条款作为合同的一部分，也将随之无效。
   • 违反建筑法关于工程款支付的规定：虽然《中华人民共和国建筑法》并未直接规定垫资条款的效力，但若垫资条款导致施工方承担过大的经济风险，且发包方未按照约定支付工程款，可能构成对施工方权益的侵害。在极端情况下，若垫资条款被认定为显失公平或违反公序良俗，也可能被认定无效。不过，这种情况较为罕见，需结合具体案情判断。
   • 违反地方性法规或规章：部分地方性法规或规章可能对政府投资项目的垫资行为有特别规定。若施工合同中的垫资条款违反了这些地方性法规或规章的强制性规定，也可能面临无效的风险。但需注意，地方性法规或规章的效力层级较低，其规定不得与法律、行政法规相抵触。

2. 实务建议

   • 审查合同条款：在签订施工合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于垫资、工程款支付、违约责任等方面的约定。确保合同条款合法、合规，且双方权利义务平衡。
   • 关注招投标程序：对于必须招标的政府投资项目，应确保招投标程序合法、合规。避免因招投标程序违法而导致合同无效的风险。
   • 保留证据：在施工过程中，应妥善保留与垫资、工程款支付相关的证据材料。如付款凭证、发票、往来函件等。这些证据材料在后续可能发生的纠纷中将成为关键证据。
   • 及时咨询专业律师：若对施工合同中的垫资条款或合同效力存在疑问，应及时咨询专业律师。律师将根据具体案情和法律法规的规定，为您提供专业的法律意见和建议。

总结来说，政府投资项目施工合同中约定施工方垫资，合同是否无效需结合具体情况判断。在签订合同时，应确保合同条款合法、合规，并关注招投标程序的合法性。如有疑问，请及时向我咨询。