国有土地使用权收回补偿协议属于行政协议，其管辖的确定需依据具体情况分析。以下是对这一问题的详细解答：
一、国有土地使用权收回补偿协议属于行政协议
行政协议的定义：
- 行政协议，又称行政合同，是指行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。
国有土地使用权收回补偿协议的性质：
- 国有土地使用权收回补偿协议是行政机关在行使土地管理职权过程中，与土地使用权人协商订立的，旨在实现土地资源的合理配置和公共利益的保护。该协议涉及行政机关对土地使用权的收回和补偿，具有行政法上的权利义务内容，因此属于行政协议。
二、国有土地使用权收回补偿协议管辖的确定
一般原则：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十八条：“行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。”因此，国有土地使用权收回补偿协议纠纷一般由最初作出收回决定的行政机关所在地人民法院管辖。
特殊情况下的管辖：
- 不动产专属管辖：如果国有土地使用权收回补偿协议纠纷涉及不动产（即土地）的权属争议，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十条：“因不动产提起的行政诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。”因此，在这种情况下，应由土地所在地人民法院管辖。
- 协议管辖的例外：虽然行政协议一般不允许当事人自由约定管辖法院，但在某些特殊情况下，如法律、法规有特别规定，或者当事人之间的协议不违反法律、法规的强制性规定，且不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益的，可能允许一定的协议管辖。然而，在国有土地使用权收回补偿协议中，这种情况较为罕见，且需严格遵循法律、法规的规定。
管辖权异议的处理：
- 如果当事人对管辖法院有异议，可以在提交答辩状期间提出。人民法院将审查异议是否成立，并作出相应的裁定。如果异议成立，将裁定将案件移送有管辖权的人民法院；如果异议不成立，将裁定驳回。
三、建议
- 在签订协议时明确管辖：虽然行政协议的管辖一般由法律规定，但当事人在签订协议时仍可以尽量明确管辖法院，以减少后续纠纷中的管辖争议。
- 及时咨询专业律师：如果涉及复杂的国有土地使用权收回补偿协议纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和救济途径。
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