国有土地使用权收储补偿协议在司法实践中通常被认定为行政协议，但在特定情形下也可能被认定为民事合同。具体分析如下：

1. 认定为行政协议的情形
   根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二条，行政机关为实现公共利益或行政管理目标，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议属于行政协议。国有土地使用权收储是政府基于城市规划、土地利用等公共利益需要，对土地使用权进行回收的行为，具有明显的行政主导性。收储补偿协议中，行政机关通常以管理者身份行使职权，协议内容涉及土地使用权收回、补偿标准确定等行政法上的权利义务，因此符合行政协议的核心特征。

2. 认定为民事合同的情形
   若收储行为完全基于平等、自愿原则，行政机关与土地使用权人通过协商确定补偿标准，且协议内容不涉及行政职权的行使（如未设定行政许可、行政处罚等条款），则可能被认定为民事合同。例如，在土地一级开发中，政府授权企业作为市场主体实施收储，企业与土地使用权人签订的补偿协议可能因缺乏行政法上的权利义务关系而被认定为民事合同。但此类情形在实践中较为少见，需结合具体协议条款和收储程序综合判断。

实务建议：

• 若协议主体为行政机关与土地使用权人，且收储行为具有强制性或公共利益属性，建议优先按行政协议处理，适用行政诉讼程序。
  
• 若协议主体为企业与土地使用权人，且收储行为完全市场化运作，可尝试按民事合同处理，但需注意协议中是否隐含行政职权行使内容。
  
• 无论协议性质如何，均建议在签订前委托律师审查协议条款，明确权利义务边界，避免后续纠纷。
  

如有具体协议文本或案件细节，可进一步向我咨询，我将结合实际情况提供针对性分析。