结论：员工不同意公司申请不定时工作制，并不影响公司依法提出申请，但公司需确保申请符合法定条件，并充分保障员工的合法权益。

详细分析：

1. 公司申请不定时工作制的权利：

   • 根据相关法律法规，企业有权根据自身生产经营特点和员工工作性质，向当地劳动行政部门申请实行不定时工作制。这一权利并不因员工的个人意愿而改变。

2. 申请条件与流程：

   • 公司在申请不定时工作制时，需满足一定的条件，如岗位特点、工作性质等确实需要实行不定时工作制。
   • 申请流程包括向当地劳动行政部门提交书面申请，附上详细的实施方案和说明材料，说明实行不定时工作制的必要性和合理性，并确保员工的合法权益得到充分保障。

3. 员工意见的考量：

   • 虽然员工的个人意愿不影响公司申请不定时工作制的权利，但公司在申请过程中应与员工进行充分的沟通和协商。
   • 员工对不定时工作制的理解和接受程度，可能影响到实施过程中的稳定性和效率。因此，公司应尽可能争取员工的理解和支持。

4. 保障员工权益：

   • 公司在实行不定时工作制时，必须确保员工的合法权益得到充分保障。这包括合理确定劳动定额、确保员工有必要的休息时间、提供必要的劳动保护和职业健康条件等。
   • 如果公司未能充分保障员工权益，员工有权向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。

5. 法律后果：

   • 如果公司未经批准擅自实行不定时工作制，或者未充分保障员工权益，可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
   • 员工也可能因此与公司产生劳动纠纷，甚至通过法律途径维护自己的权益。

建议：

• 公司在申请不定时工作制前，应充分评估岗位特点和工作性质，确保符合法定条件。
• 与员工进行充分的沟通和协商，争取员工的理解和支持，减少实施过程中的阻力和争议。
• 在实行不定时工作制的过程中，严格遵守相关法律法规和政策规定，确保员工的合法权益得到充分保障。

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