在需要证明被告人（已去世）的配偶、子女与其关系时，确实需要综合考虑多种证据和材料来确保证明的准确性和有效性。以下是一些具体且有效的方法，供您参考：
一、官方文件及证件
户口本：
- 户口本是证明家庭成员关系的重要法定文件。如果配偶、子女与被告人在同一户口本上，那么户口本上的记录将直接证明他们之间的亲属关系。
结婚证：
- 结婚证是证明夫妻关系的法定凭证。如果配偶与被告人有合法的婚姻关系，那么结婚证将直接证明他们之间的夫妻关系。
出生医学证明：
- 对于子女与被告人之间的关系，出生医学证明是证明亲子关系的重要依据。它记录了新生儿的出生时间、地点以及父母姓名等信息，是证明子女与被告人亲子关系的直接证据。
收养登记证（如适用）：
- 如果子女是通过合法收养程序成为被告人的家庭成员，那么收养登记证将证明他们之间的收养关系。
公证书：
- 如果需要更正式、更具法律效力的证明，可以考虑申请亲属关系公证书。公证书由公证机关出具，具有较高的法律公信力，可以详细说明和确认申请人与去世者之间的亲属关系。
二、单位或组织证明
工作单位证明：
- 如果被告人或其配偶、子女有工作单位，可以请求单位出具证明，说明他们之间的亲属关系。虽然这种证明的效力相对较弱，但可以作为辅助证据使用。
居委会或村委会证明：
- 对于居住在基层群众性自治组织管辖范围内的居民，可以请求居委会或村委会出具证明，说明他们之间的亲属关系。这种证明在基层社区中具有一定的可信度。
三、档案材料
- 人事档案：
- 如果被告人或其配偶、子女有人事档案，可以查阅档案中的家庭成员信息、社会关系等部分，以获取证明亲属关系的依据。虽然档案材料的准确性和完整性可能存在一定问题，但它们仍然具有一定的参考价值。
四、证人证言
- 在没有其他直接证据的情况下，可以考虑寻找了解被告人家庭情况的证人，如亲戚、朋友、邻居等。他们可以陈述所知的双方亲属关系的具体情况，包括关系的形成、相处情况等。虽然证人证言的证明效力相对较弱，但可以作为辅助证据提供一定的支持。
五、司法鉴定（如必要）
- 在复杂或存在争议的情况下，可以考虑进行司法鉴定，如DNA鉴定等。司法鉴定具有较高的科学性和准确性，可以确定亲属关系，为证明提供有力的支持。
总结与建议
在证明与去世者的亲属关系时，应优先考虑使用官方文件及证件，因为它们具有较高的证明效力。如果官方文件无法获取或不足，可以结合单位证明、档案材料、证人证言等其他方式进行补充。在必要时，可以考虑进行司法鉴定以确保准确性。同时，建议您咨询当地律师或相关机构工作人员，以确保提供的证据符合法律程序或官方机构的要求。