结论前置：公司要在员工离职3年后才发现其离职2年内有违反竞业协议的情况，并据此提起诉讼，很可能已经超过了诉讼时效。不过，具体是否超过时效，还需结合实际情况判断，以下为你详细分析：

诉讼时效的基本规定

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。在竞业限制纠纷中，公司作为权利人，其请求员工承担违反竞业限制义务违约责任的诉讼时效，通常也适用这一规定，即从公司知道或者应当知道员工违反竞业限制义务之日起计算三年。

本案中的时效分析

1. 时效起算点：

   • 在你描述的情况中，员工离职后2年内违反了竞业协议，但公司在员工离职3年后才发现这一事实。
   • 诉讼时效的起算点应为公司知道或应当知道员工违反竞业限制义务之日。如果公司在员工离职3年后才发现，且没有证据表明公司在此之前已经知道或应当知道，那么从公司发现之日起计算三年诉讼时效。但考虑到员工离职后2年就已违反竞业协议，若以员工离职后2年届满时作为公司“应当知道”的时点（这是一种假设，实际需根据具体情况判断），则公司起诉时很可能已超过三年诉讼时效。

2. 时效中断与延长：

   • 时效中断：如果在诉讼时效期间内，公司向员工主张过权利（如发送律师函、提起诉讼等），或者员工同意履行义务，那么诉讼时效会中断，并从中断时起重新计算三年。但在你描述的情况中，并未提及有此类中断事由。
   • 时效延长：在特殊情况下，如公司因不可抗力或其他正当理由无法在诉讼时效期间内提起诉讼，法院可以根据公司的申请延长诉讼时效。但这种情况较为罕见，且需要公司提供充分证据证明。

法律建议

1. 收集证据：公司应尽快收集员工违反竞业协议的相关证据，如员工在新单位的工作证明、与新单位签订的劳动合同、社保缴纳记录等，以证明员工确实违反了竞业限制义务。
2. 咨询专业律师：由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和证据收集，公司应尽快咨询专业律师，评估起诉的可行性和风险。
3. 考虑其他救济途径：如果诉讼时效确实已经超过，公司可以考虑通过其他途径维护自身权益，如与员工协商解决、向行业协会或监管机构投诉等。

最后，诉讼时效是法律为保护当事人合法权益而设定的一项重要制度。公司在发现员工违反竞业协议后，应及时采取行动，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，可以直接向我咨询。