结论：组长不报员工私自加班的考勤，是否违法需分情况讨论。关键在于员工加班是否经过公司合法审批流程，以及公司是否有明确的加班管理制度。
详细分析：
如果公司有明确的加班管理制度，且规定加班需提前申请并获得批准：
- 在这种情况下，员工未经批准私自加班，属于违反公司规章制度的行为。组长不报此类加班考勤，是遵循公司管理制度的正当行为，不构成违法。
- 员工应遵守公司的加班申请流程，未经批准擅自加班，公司有权不支付加班费，也不计入考勤。
如果公司没有明确的加班管理制度，或者制度中未规定加班需提前申请：
- 在这种情况下，员工私自加班可能被视为实际提供了劳动。如果组长不报此类加班考勤，导致员工无法获得应有的加班费或调休，可能涉及侵犯员工的合法权益。
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬（工作日加班）；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬（休息日加班）。如果员工私自加班符合这些情形，且公司未支付相应报酬，则公司可能构成违法。
特殊情况考虑：
- 如果员工私自加班是由于公司紧急任务或特殊情况导致，且公司事后认可并愿意支付加班费或安排调休，那么组长不报考勤可能不构成违法，但公司应尽快补办相关手续。
- 如果员工私自加班存在恶意或滥用加班制度的情况，公司有权根据规章制度进行处理，包括不支付加班费、不计入考勤等。
法律建议：
- 对于公司：应建立健全加班管理制度，明确加班申请、审批、考勤和报酬支付等流程，确保员工加班权益得到保障，同时避免滥用加班制度。
- 对于员工：应遵守公司的加班管理制度，如需加班应提前申请并获得批准。如果认为自己的加班权益受到侵犯，可以与公司协商解决或向劳动监察部门投诉。
- 对于组长：在处理员工加班考勤时，应遵循公司规章制度和法律法规，确保公正、公平、合法。如有疑问或不确定的情况，应及时向上级或人力资源部门咨询。
可能后果：
- 如果公司或组长违反法律法规或公司规章制度处理员工加班考勤，可能面临劳动监察部门的处罚或员工的法律诉讼。
- 员工如果滥用加班制度或未经批准擅自加班，也可能面临公司的纪律处分或影响个人职业发展。
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